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新发现！中科院海洋所揭秘对虾进化中的关键因素
原标题：新发现！中科院海洋所揭秘对虾进化中的关键因素
近日，由中科院海洋所李富花课题组主导完成的科研论文“简单重复序列促进对虾基因组可塑性和适应性进化”在Nature子刊《通讯-生物学》在线发表。该研究针对简单重复序列（simplesequencerepeat，SSR）在对虾基因组内呈爆发式扩张的现象，首次提出SSR在基因组内急速扩张的新机制，揭示了SSR在对虾基因组的可塑性和适应性进化过程中的关键作用。
△从简单到复杂
SSR是由1~6个碱基串联重复多次形成，在所有已测基因组物种中含量普遍较低（仅约1%左右），而且它们通常被认为是没有功能的，属于基因组上的“垃圾DNA”。然而，该课题组前期研究发现凡纳滨对虾基因组SSR含量竟高达23.93%，引发了研究人员对于SSR在对虾进化中的功能及作用机制的浓厚兴趣。
△
对虾基因组SSR扩张与适应性进化
为了探究SSR的分布特征和功能，研究人员完成了另一种对虾——中国明对虾——的全基因组测序和组装，并基于Hi-C测序，构建了凡纳滨对虾和中国明对虾染色体水平的基因组图谱。通过比较基因组学分析，推断SSR的爆发式扩张发生在对虾的祖先基因组上，而SSR的特异性扩张也出现在不同对虾分化之后。SSR的扩张事件也与生物大灭绝事件后对虾的快速进化时间一致，提示了SSR在对虾适应性进化过程中的关键作用。
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