看似寻常的问题，放在中国的现实境况中，往往变得不那么简单。东中西部、城市乡村，“发展差距甚至达一个世纪”；13亿多人口，比美日德法英人口总和的两倍还多，利益诉求千差万别甚至彼此难以理解。全面深化改革如何才能改得准、行得稳？这就需要掌握科学的改革方法论，把握和处理好几个重大关系。
——既要顶层设计，又要基层探索，实现“上”与“下”的良性互动。
顶层设计和基层探索互不排斥、辩证统一。改革行至深水区，新旧矛盾纠结，利益诉求庞杂。顶层设计如同“导航仪”、“牵引机”，能突破“只见树木，不见森林”的视野障碍，引导改革超越既有利益格局，沿着科学路径前行。基层探索、“摸着石头过河”也有着巨大的现实意义。我国不同地区发展水平差距大，在改革问题上想要排好队、齐步走、整齐划一是不切实际的。要想顺利“过河”，就要鼓励各地根据自身实际找到不同的“桥”和“船”。
顶层设计与基层探索都要有全局观。顶层设计要谋划全局，但这种谋划不是坐在办公室里“搞计划”，而是充分调研、反复论证、及时调整、科学决策。基层探索也要观照全局，要发挥好试点对全局性改革的示范、突破、带动作用。
——既要统筹推进，又要重点突破，注重改革的系统性、整体性、协同性。
少了税收调节、公共财政、养老体制的创新，收入分配改革必然难以迈步；没有户籍、教育、医疗、住房的保障，农民工成为新市民只能是一个遥远的梦……改革越深入，各领域各环节改革的关联性互动性越强，每项改革都会对其他改革产生重要影响，又都需要其他改革予以支撑。如果只是“线性部署”“单兵突进”，没有通盘考虑好先手棋、后手棋，改革难免相互掣肘。只有坚持统筹集成、整体推进，才能让各项改革举措在政策取向上相互配合、在实施过程中相互促进、在改革成效上相得益彰。
然而，“全面”又不等于撒胡椒面，不是平均用力，而是注重抓主要矛盾和矛盾的主要方面，注重抓重要领域和关键环节，把要啃的硬骨头找出来，把要涉的险滩标出来，在节骨眼、要害处用力，做到“一子落而满盘活”。
——既要在法治下推进改革，又要在改革中完善法治，寻求改革与法治的最佳结合。
只有在法治的框架内解决问题，寻求法治之下的“最大公约数”，做到重大改革于法有据，才能确保改革有秩序、不走样，行稳致远。改革重在突破，法治重在规范。全面深化改革，要勇于“破”，即冲破思想观念的束缚，破除体制机制的障碍，但“破”不是无边界、无底线，要沿着法治的轨道前行。“破”的最终目的还是要“立”，即形成一套更完备、更稳定、更高效的法律和制度。那种认为改革就是冲破法律的“束缚”，改革要上路、法律要让路的观点是不正确的。
只有立法主动适应改革发展需要，才能更好发挥法治对改革的保障推动作用。实践证明已经比较成熟的改革经验、行之有效的改革举措，要及时上升为法律法规；保守僵化、已成为发展“绊马索”的条条款款，该修改尽快修改；陈旧过时、早已不适应现实的法律法规，该废止果断废止。那种认为法律就是要保持“超稳定”的观点同样是不正确的。
——既要快马加鞭推改革方案，又要持之以恒抓改革落实，坚持“取势”与“取实”的高度统一。
全面深化改革是系统工程，头绪多，任务重，必须先集中力量把主要改革举措推出来，把气势提起来，然后一项一项抓好落实，这是改革的环境和实施条件决定的。如果慢条斯理、按部就班，不仅时间上不允许，也会造成一些重大改革举措不能系统配套推行。这就要求我们在今后的改革中一手抓改革方案，一手抓改革落实，通过的方案要“查哨查铺”，确保落实到位。
