对细菌来说，或许最明显和最有效的耐药方法是改变抗生素的目标，使抗生素无法识别出自己。这种耐药方法非常普遍，而且有许多实现的途径。例如，只需将细胞壁“栅栏柱”末端的氨基酸由D-丙氨酸变为D-乳酸，一个非常小的调整，就可以使万古霉素等氨基糖苷类抗生素完全失效。一旦目标改变，我们就无法再用原来的“魔弹”来摧毁它们。
原理上，对付这类耐药细菌的方法很简单，就是找到新的“魔弹”。然而，许多抗生素来自微生物本身，生存压力会迫使微生物物种不断发展出击败竞争对手的武器。这些微生物制造抗生素的方式往往不是很灵活：它们非常擅长制造特异性的结构，但如果这一结构不再与目标相吻合，它们就很难调整过来。我们还在大自然中发现了许多显而易见的抗生素，但随着时间推移，这样的抗生素已经越来越难以找到。目前我们所使用的广谱抗生素中，除了头孢洛林一种之外，其他都是在10年前发现的，几乎一半发现于1950年到1960年的“黄金时代”。
我们还有许多其他方法，其中一个备受关注的方法是寻找隐性抗生素（cryptic antibiotics），这就涉及到促使细菌生成它们通常不会生成的分子。这种方法能否奏效还有待时间的检验，目前我们的最佳选择是转向有机化学，该领域已经为我们提供了精确的工具，以其他学科难以想象的方式对分子进行调整。利奈唑胺（Linezolid）正是人类利用有机化学技术从无到有开发出来的一种抗生素，能阻止核糖体与mRNA连接，从而抑制细菌蛋白质合成。我们还能用有机化学对自然界中发现的抗生素进行调整。例如，美国Tetraphase制药公司正在尝试改造四环霉素（tetracyclines），使其适应多种耐药性细菌的目标位置。
我们唯一不能做的一件事就是放弃，因为细菌永远不会放弃。制药业已经耗费了大量资金寻找新的抗生素，许多公司在一无所获之后宣布放弃。这很危险。我们需要明白，探索过程必将是缓慢而艰难的。尽管科学家在努力设计更好的有机化学工具，以更快地制造抗生素分子，但这一过程并不容易。抗生素耐药性是一场人类一开始就处于下风的军备竞赛。我们现在需要做的更多，否则等待我们的只有失败。我们所有人的生命都与此息息相关。（任天）
