在区域合作层面，东南亚国家在东盟框架内设立了一系列反恐合作机制，例如，在马来西亚吉隆坡设立旨在分析恐怖活动、培训反恐人才的东南亚反恐中心，在东盟国家警察局长会议机制下启用犯罪情报共享数据库等。印尼、马来西亚、菲律宾三国去年还启动了苏禄海联合巡逻行动，加大对海上恐怖主义活动的监控。
在国际合作层面，东盟分别同美国、中国、日本、俄罗斯、澳大利亚、印度、加拿大、新西兰、巴基斯坦、欧盟等国家或组织签署了反恐合作宣言或协议。东盟多国还分别与中、日、印、美、澳等国签署双边反恐合作协议。
反恐面对诸多新痛点
恐怖主义在东南亚渗透扩散，加大了东南亚各国的反恐难度，对现有反恐机制构成考验和挑战，同时也暴露出东南亚反恐一些痛点。
痛点之一是反恐硬件能力的匮乏。如菲律宾政府军在夺回马拉维的战役中暴露出严重的装备缺口，整个战役持续了５个月时间。
痛点之二是反恐心态上的两难。不少东南亚国家高度依赖旅游业和服务业，它们对恐怖主义深恶痛绝，但不愿大张旗鼓地开展跨国反恐行动，担心影响经济。这种心态从某种程度上致使一些合作项目“有机制、少实质”。
另一个痛点是，东盟各国文化宗教多元化，经济发展水平差异大，致使各国对反恐合作机制的贡献参差不齐。一些恐怖组织与本土分离主义势力及反政府武装混杂在一起，使得反恐问题在某些国家成为与政治乃至选举相关的话题，加大了合作反恐的复杂性。
虽然恐袭不时发生，但事实上，东南亚反恐机制也在发挥有效作用。过去几年，马来西亚、新加坡成功挫败多起恐怖袭击；印尼、马来西亚也均在情报共享机制下控制或监控涉恐嫌疑人；泰国和马来西亚曾切断恐怖人员和资金的流动通道。
另外，一些根据新形势打造出来的反恐新机制尚处于起步阶段，仍需一个磨合与实践的过程。今年１月，印尼、马来西亚、菲律宾、新加坡、泰国和文莱达成一项旨在加强区域安全多边合作的情报合作协定，代号“我们的眼睛”。按印尼国防部长里亚米扎尔德的说法，该协定主要用于消除“伊斯兰国”在中东受挫后，其武装人员回流东南亚所引发的新威胁，以杜绝类似马拉维那样的严重恐怖事件再次发生。
