不过，在上述股权结构的多元化改制工作中，出现了股权纠纷等问题。博云新材公告，此次增资扩股过程存在违反法律法规规定、造成国有资产重大流失之情形。
9月12日，博云新材公告，粉冶中心作为仲裁申请人，先后将股东温州环亚、宁波金仑、宁波金润、兆富成长、株洲兆富新材投资管理合伙企业（有限合伙）、兆富投资、宁波金开、宁波君润作为被申请人，向长沙仲裁委员会提起仲裁。粉冶中心请求裁决确认，申请人与被申请人于2011年7月签订的《中南大学粉末冶金工程研究中心有限公司之增资协议书》无效；请求裁决申请人恢复至2011年10月20日增资扩股的工商变更之前的股权结构。
此前8月18日，博云新材董秘曾光辉曾向记者表示，粉冶中心的仲裁若有相关进展，将会及时公告。
