一是关于预算执行进度慢、项目推进慢、资金结转多的问题。财政部在2016年度预算执行中，严格按规定时限下达一般公共预算，提前下达了政府性基金预算转移支付指标，国有资本经营预算部分转移支付采取“预拨加清算”方式管理。目前，一般公共预算等三本预算的执行进度均有所加快。同时，财政部督促有关部门和地方加强预算执行的监督检查，通过调减预算额度、加快项目执行、强化绩效管理等，已将2015年底结转结余的26.95亿元全部安排使用。
二是关于关税和进出口环节税征缴入库不及时、应转为税款的保证金超期未转的问题。海关总署通过推动“财关库银”横向联网工程建设运行，进一步加强了海关、银行和国库间的信息沟通，据海关总署统计，2016年8月银行滞压税款额较前7个月月均水平下降超过80%。相关关区对企业保证金进行核实清理，按规定解除担保或将保证金及时转税入库，并优化了作业流程，加强了日常监控。
三是关于财政授权支付范围划分不够明细的问题。财政部统一了基本支出和项目支出、政府采购支出和非政府采购支出的支付方式划分标准，加强大额资金支出审核和授权支付动态监控，并比照商业银行市场化收费标准修订国库集中支付银行代理手续费计付标准；在39个部门推行“基层预算单位+科目”的用款计划控制机制。
四是关于预算安排未充分考虑结转结余的问题。财政部印发《中央部门结转和结余资金管理办法》（财预〔2016〕18号），改进了结转结余资金管理模式，并核减3个部门有关项目的年度预算，明确从2016年起不再代编文化体制改革等项目预算。
（二）聚焦体制机制问题，促进加快形成适应深化改革要求的制度体系。
1．关于中央财政管理方面的问题。主要涉及预算安排统筹协调和转移支付制度改革情况，有关部门采取了以下整改措施：
一是关于预算安排与项目安排衔接不够、多本预算间支出划分不够清晰、交叉安排项目支出的问题。财政部积极推进中央本级项目库建设，督促主管部门及早确定项目名单，完善相关资金管理办法，加强项目预算绩效管理，对在规定期限未确定具体项目的资金予以收回，并明确将对年底仍未使用的资金予以收回；取消了一般公共预算中与其他预算安排交叉重复的电信普遍服务资金。发展改革委在中央经济工作会议确定年度投资规模后，加快中央预算内投资计划下达，加大相关方面资金的统筹力度，并强化了事中和事后监管。
二是关于预算安排与专项规划衔接不够的问题。财政部会同有关部门以高标准农田建设为平台，在湖南省开展涉农资金整合试点，将根据试点情况及时总结经验予以推广、完善政策，促进与相关规划做好衔接。环境保护部在编制“十三五”重点流域水污染防治规划中，将进一步突出规划的统揽和引领作用，协调做好预算安排与规划衔接。
三是关于预算安排与制度规定衔接不够的问题。发展改革委按照“一专项一办法”的要求加快制定专项管理办法，已出台60多项办法，督促有关地方严格管理、完善手续、加快实施，并从2016年起不再安排农户科学储粮专项。财政部完善了相关专项资金管理办法，并在2016年预算安排中严格执行。
四是关于转移支付制度方面的问题。对一般性转移支付具有指定用途、专项转移支付多头管理的问题，财政部在提高一般性转移支付资金比例的同时，不再强调专款专用，清理取消“政策产业技术研究与开发”等已到期、外部形势发生变化的专项转移支付，要求农业综合开发专项做到分配主体统一、分配办法一致、申报审批程序唯一。对专项转移支付管理薄弱的问题，财政部进一步优化支出结构、规范资金分配管理；发展改革委对确需安排资金但分布范围广、单项资金少的项目，以及涉及补助县级的项目，原则上均采取“切块”或“打捆”方式下达，交由地方具体安排，并会同相关部门加强事中事后监管。对用虚假资料、违规多头申报等获得中央投资补助的问题，发展改革委在清理收回2340万元上缴国库的同时，采取列入“黑名单”等方式，对相关项目单位和企业予以惩戒；对农林水事务补助资金被骗取、侵占或损失浪费的问题，通过追回或盘活相关资金、严肃追责问责、建立健全制度等方式进行了整改，涉及金额13.11亿元。其中，湖南省已对澧县骗取种植业保险保费补贴问题中的8名责任人给予撤职、降职等处分，对其他有关人员的调查处理正在进行中。
