“到底板子该打谁，全都解决了”，杨朝飞认为，上述改革方案，有望终结环保职能“九龙治水”、多头管理的局面，“环保职能碎片化，原来这个问题比较突出”，以水污染为例，企业排的污水，在岸上环保部门管，到了河里归水利部门管，可能在岸上时，水质还是达标的，但流到河里就不达标了，而各部门自说自话，不能真实反映污染状况。
全国政协委员、全国社保基金理事会理事长楼继伟在会议讨论中也举例说明“九龙治水”、多头管理的弊端，“一只蛤蟆跳进水里，归农业部管，蹦到岸上就归林业局管”，“种牡丹归林业局管，改种芍药就得归农业部了，一个是草本、一个是木本”。他说，有时候几个部门开会，还没讲完大家就“打起来了”，互相质问“你的手怎么伸到我部门来了？”
改革方案不回避利益调整
中国行政管理学会副秘书长沈荣华认为，仅从国务院机构改革方案看，体现出不回避权力和利益调整的特点，重塑新的利益格局，“从根上解决了过去职能交叉、重叠等痼疾，对进一步转变政府职能、建设人民满意的服务型政府，意义重大深远”。
“早在1988年，机构改革就提出了转变政府职能目标，到现在30年了，可见转变职能有多难”，汪玉凯对新京报记者说，此前各轮改革特别是2008年以后的大部制改革，要解决的一个重点问题就是政府部门职能交叉、重叠，“但是机构改革相当于刀刃向内，给自己开刀，改革难度可以想象，所以之前的改革，遭遇过机构膨胀、有些部门机构‘反复’等问题”。
中国行政管理学会副秘书长沈荣华参与了2008年的大部制改革方案的设计，并对2013年国务院机构改革进行了前期调研，提出课题报告。据他回忆，2008年那次改革之前，专家已经提出组建市场监督管理总局的方案，将工商行政管理、质量监督检验检疫、食品和药品监督管理等职能整合起来。
