2009年，全球突发甲流疫情，国外死亡上万人。在国务院领导下，我国成立了由卫生部牵头、38个部门组织的联防联控机制，侯云德作为专家组组长，针对防控中的关键科技问题，开展多学科协同攻关研究。

当时，我国仅用87天就率先研制成功新甲流疫苗。世界卫生组织建议注射两剂，侯云德则提出不同观点：“新甲流疫苗，打一针就够了！”最终，这一方案大获成功，世界卫生组织也根据中国经验修改了“打两针”的建议。

2009年的甲流疫情，我国取得了“8项世界第一”的研究成果。据清华大学第三方系统评估，我国甲流的应对措施大幅度降低了我国的发病率与病死率，减少2.5亿人发病和7万人住院；病死率比国际低5倍以上。

此外，侯云德还提出了应对突发急性传染病的“集成”防控体系的思想。“MERS、寨卡等病毒在我国都没有流行起来，H7N9也得到了有效控制，我国在传染病防控方面的能力已进入世界一流行列。侯院士作为这一体系的总师，功不可没。”国家卫计委科教司监察专员刘登峰表示。

“科研成果如果都能变成防控药品该多好”

侯云德是一位科学家，更是一名战略科学家。

“中国干扰素”之父是业内不少人对侯云德的尊称。20世纪七八十年代，美国、瑞士等国的科学家以基因工程的方式把干扰素制备成治疗药物，很快成为国际公认的治疗肝炎、肿瘤等疾病的首选药，但价格极为昂贵。

侯云德敏锐地捕捉到基因工程这一新技术，他带领团队历经困难，终于在1982年克隆出具有我国自主知识产权的人α1b型干扰素基因，并成功研制我国首个基因工程创新药物——重组人α1b 型干扰素，这是国际上独创的国家Ⅰ类新药产品，开创了我国基因工程创新药物研发的先河。此后，侯云德带领团队又相继研制出1个国家Ⅰ类新药（重组人γ 干扰素）和6个国家Ⅱ类新药。

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