本该颐养天年的年龄，侯云德又忙碌起来，担负起我国现代传染病防控体系顶层设计的重任。他带领专家组，设计了2008-2020年降低“三病两率”和应对重大突发疫情的总体规划，主导建立了举国体制协同创新的传染病防控技术体系，全面提升了我国新发突发传染病的防控能力。

第一次挑战很快来临!

2009年，全球突发甲流疫情，国外死亡人数上万名。在国务院领导下，我国成立了由卫生部牵头、38个部门组织的联防联控机制，侯云德作为专家组组长，针对防控中的关键科技问题，开展多学科协同攻关研究。“这个组长可不好当，相当于坐在火山口上，责任重大。一旦判断失误，防控不当，疫情就有可能蔓延。”中国疾病预防中心病毒病预防控制所副所长董小平研究员回忆说。

当时，我国仅用87天就率先研制成功新甲流疫苗，成为全球第一个批准甲流疫苗上市的国家。世界卫生组织建议注射两剂，侯云德则提出不同观点：“新甲流疫苗，打一针就够了!”

在疫情随时有可能爆发的情况下，提出这一建议的侯云德，承担的压力可想而知。打两针是国际共识，只打一针，万一达不到免疫效果呢?

“科学家要敢讲真话，为国家和人民着想，不能只计较个人得失。”侯云德是有底气的。依据长期积累的经验，结合新疫苗的抗体反应曲线和我国当时的疫苗生产能力和注射能力，侯云德坚定地提出了一次接种的免疫策略。最终，这一方案大获成功，世界卫生组织也根据中国经验修改了“打两针”的建议，认为一次接种预防甲流是可行的。

2009年的甲流疫情，我国取得了“8项世界第一”的研究成果，实现了人类历史上首次对流感大流行的成功干预。据来自清华大学第三方的系统评估，我国甲流的应对措施大幅度降低了我国发病率与病死率，减少2.5亿发病和7万人住院;病死率比国际低5倍以上。这一重大研究成果获得世界卫生组织和国际一流科学家高度赞赏和一致认同，获得2014年国家科技进步一等奖。

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