樊代明院士指出，人是一个整体，而且是一个有生命的整体。因此，个体难以代表群体；体外难以反映体内；人体的内外环境廻异；结构并非功能；局部之和不是整体；微观难以代表宏观；静态与动态有别；瞬间结果与长期结局有差异；直接与间接的关系不同；科学是必然性但医学常有偶然性；生理与心理间联系错位；客观与主观并非一致；数据与事实有别；证据与经验失联；因果与相关不同；科学与伦理有悖；理论与实践脱节等等。因此，我们不能简单地把局部、瞬间、直接观察到的现象笼统地认为是整体的表现，也不能一概将与正常变异的数据与指标都认为是疾病，也不能把疾病都一概认为对人体就是有害。要从整体观察、综合评估。患者是病的人，而不只是生的病。因此，医学必须把患者当成人而不是一个病。而整合是将现有一切对人体有关的知识经验加以收集整理，有所取舍，优中选优，然后将其整合成更加符合、更加适合人体疾病的诊疗和保健康复的新的医学知识体系。整合要从整体出发，要以人为本，整合就是要还器官为患者；还症状为疾病；从检验到临床；从药师到医师；身心并重；医护并重；中西医并重；防治并重等等。要将医学专科过度细划，医学专业过度细化，医学知识碎片化扭转过来。整合医学（HIM）不仅要求我们把现在已知各生物因素加以整合，而且要将心理因素、社会因素和环境因素等也加以整合；不仅需要我们将现存与生命相关各领域最先进的医学发现加以整合，而且要求我们把与医学相关各专科最有效的临床经验加以整合；不仅要从呈线性表现的自然科学的单元思维考虑问题，而且要从呈非线性的哲学的多元思维分析问题。通过这种从单元思维向多元思维的提升，通过这四个整合过程的再整合，从而构建更全面、更系统、更合理、更符合自然规律、更适合人体健康维护、疾病诊断、治疗以及预防的新的医学知识体系。
