内地口岸区由香港特区交予内地根据本合作安排使用和实施管辖。内地口岸区场地使用权的取得、期限及费用（包括内地口岸区内有关建筑物及相关设施的维修养护费用）等事宜，由双方签订合同作出规定。
第三条 内地口岸区的设立不影响广深港高铁香港段的建造权及施工权、服务经营权及营运和监管，亦不影响广深港高铁香港段相关资产（包括相关土地及土地上不动产或动产）及设施的权益，该等事宜仍由香港特区依特区法律处理及依照本合作安排行使管辖权。
第二章 内地口岸区的管辖权划分
第一节 内地管辖事项
第四条 内地口岸区自启用之日起，除本合作安排第三条和第七条规定的事项外，由内地根据本合作安排和内地法律实施管辖（包括司法管辖）。
处理上款规定的内地管辖事项时，就内地法律和香港特区法律的适用以及管辖权（包括司法管辖权）的划分而言，内地口岸区视为处于内地。
第五条 内地出入境边防检查机关、海关、检验检疫机构对列车按照进出境运输工具进行监管，在内地口岸区办理相关出入境边防检查、海关监管、检验检疫手续。
第六条 内地派驻出入境边防检查机关、海关、检验检疫机构、口岸综合管理机构和铁路公安机关（下称“内地派驻机构”），根据内地法律在内地口岸区履行职责，不进入内地口岸区以外的区域执法，在内地口岸区以外的区域没有执法权。
第二节 香港特区管辖事项
第七条 下列事项，由香港特区依据特区法律实施管辖（包括司法管辖）：
1、有关特定人员，即持有香港特区政府或广深港高铁香港营运商核发的有效证件进入内地口岸区或通过该口岸区进入西九龙站其他地点执行职务的工作人员，履行职务或与履行职务相关的事项，除以上情况外，该等人员在内地口岸区应遵守内地法律并接受内地派驻机构的监管；
2、有关建筑物及相关设施（包括消防、危险品贮存设施、升降机、自动梯、水管装置、废物及污水装置、扩音系统、通风、电力及能源效益等）的建设、保险和设计、维修养护标准和责任的事项，但内地派驻机构自行提供或依据本合作安排执行职务时专用的设施设备除外；
3、有关广深港高铁香港营运商及服务供应商的经营、相关保险、税务及其员工税务及雇佣责任和权益、保障和保险的事项，前述服务供应商不包括向内地派驻机构或广深港高铁内地营运商提供服务而又不在内地口岸区以外的香港特区区域范围经营之服务供应商；
