杨振宁作为一个科学机构的领导人，他既充分放权，只管全局性和战略性的大事，又对重要事务的细节予以充分注意。作为一个做大事的人，清华大学高等研究中心成立不久，杨先生就在香港注册成立了“清华大学高等研究中心基金会有限公司”，在香港和美国筹集资金。杨先生明白，有了财务上的自由，才可能有招聘杰出人才和开辟新研究方向的自由。为此，杨先生一方面把自己个人积蓄以及在美国长岛一幢占地面积3英亩的别墅捐给基金会；另一方面，他还努力向好友和香港的爱国人士募捐。正是有了这个基金会，高等研究院才有可能把美国科学院院士、图灵奖获得者姚期智先生引进到清华全职工作，才有可能设立“杨振宁讲席教授”职位，给翁征宇、王小云等一批优秀的中青年科学家以比较体面的薪酬，才有可能给博士研究生和博士后稍好一点的待遇。杨先生不但捐款给基金会而自己分文不取，而且还把回归后国家给他的每年100万人民币津贴的很大一部分捐给中心用作日常开支，使中心能够较好运行。
要使一个科学研究机构成功，研究方向的正确选择和一流研究人员的招聘是关键。杨先生一开始为高等研究中心确定的研究方向是理论物理和数学，其中理论物理又聚焦在凝聚态物理和冷原子物理的研究，为此中心邀请了张首晟、文小刚、李东海、何天伦、华泰立等一批在该领域国际物理界最出色的华人学者到高等研究中心来工作。他们对中心做出了重要的贡献。2005年，在杨先生的感召下，国际理论计算机领域的大家——姚期智先生全职加盟清华高等研究中心，而后又引进数学和密码学交叉领域的杰出女科学家王小云，还聘请微软亚洲实验室的一批信息领域的翘楚兼职，高等研究中心的研究领域也增加了理论计算机科学。杨先生对招聘杰出人才到高等研究中心工作费心思量。对每位候选人，杨先生都要仔细研究其学术背景和已有的学术成就，往往谈了多位，每位谈了数轮，最后才成功一位。在研究人员结构和行政运行机制方面，高等研究中心采取了类似于普林斯顿高等研究院的做法，本着“精干、择优、流动”的原则，积极通过各种渠道延揽国内外科学英才，营造宽松环境，埋头科学探索，培育顶尖人才。20年来，高等研究院已成为一个学术氛围浓厚的“学术殿堂”，一流学者的报告常年不断，多位诺贝尔奖获得者和大量活跃在物理前沿研究领域的青年学者云集于此，青年学子刻苦钻研互相切磋，多个学科交叉融合，产出了大量的学术成果，培育出一批学术精英，对清华理科的发展产生了深远的影响。不仅如此，正如清华大学前任校长陈吉宁所说，“在杨振宁推动下成立的清华大学高等研究院，不仅在学术前沿研究方面做出了重要贡献，也对清华大学的办学理念和管理体制产生了深远的影响，为学校建设世界一流大学发挥了重要的作用。”
