对于深圳校区与本部的关系，姚英学表示，这个说不清，大约是介于一个二级学院与一个独立学校之间。新校区的权限已经远远超过了一个二级学院，是独立法人，独立核算，校本部对其没有干预，只有监督。
“一流大学之窗”
“深圳再办个8所、10所大学都不嫌多。”尽管北大深研院发展并不尽如人意，但海闻对深圳高教发展潜力还是信心十足。这是因为，作为经济总量长期居全国第四位、实际居住人口高达2000万的深圳，其拥有的高校无论是数量还是质量，都远远落后于北京和上海。
深圳市教育局在书面回答《中国新闻周刊》采访时说：近年来，深圳之所以成立由市委、市政府主要领导担任组长的高等教育改革发展领导小组，将高教发展放在了更突出的位置，是由于深圳高等教育仍然薄弱，与国内外高等教育发达的城市相比差距较大，与城市经济地位不匹配，特别是整体规模偏小，缺乏高水平大学，人才培养层次偏低，创新能力也较弱。
根据深圳市教育局给出的信息，深圳现有高校13所，除了深圳大学城里的三所高校以及深圳大学、南方科技大学，还有香港中文大学(深圳)、中山大学·深圳、深圳北理莫斯科大学、暨南大学深圳旅游学院，以及3家职业技术学院和一所广播电视大学。值得注意的是，在深圳已有的高等院校中，有7所为外地或境外大学在深的异地办学校区，所占比例超过一半。
如果说，2000年的深圳大学城建设是深圳的第一波合作办学热潮的话，那么，眼下深圳正进入高等教育合作办学的一个新阶段。
在深圳市的10个区中，有8个区都提出了自己的“大学计划”。拥有深大、南科大及深圳大学城的南山区，是深圳高教资源最为密集的区域。据《蛇口消息报》报道，2016年，南山区又接连签署协议，引入北大深圳校区、清华大学深圳国际校区、中国科学院大学深圳校区，以及天津大学-佐治亚理工深圳学院等合作办学项目。南山区区长王强透露，上海交通大学也将在深圳设立校区，选址也在大学城所在的西丽附近。
在深圳，能在高教发展领域与南山区势均力敌的就是龙岗区。该区副区长黄惠波告诉《中国新闻周刊》，作为深圳市较新成立的一个区，龙岗是深圳的产业大区，近年来经济发展势头迅猛，2016年以3177亿元的GDP总产值居深圳市第三位。为了给未来产业发展提供高科技支撑，龙岗区也坚持走中外合作办学之路。
