审计还发现，一些地方对保障对象的资格审核和后续监管不到位，有5.49万户不符合条件家庭得以通过审核，违规享受保障性住房1.57万套、补助1.61亿元；有3.36万户不再符合条件的家庭未及时退出，违规享受住房2.63万套、补贴1197.44万元；有5949套住房被违规转借、出租、销售或用于办公经营；还有12.87万套基本建成的住房因配套基础设施建设滞后，搁置1年以上无法交付使用。
审计指出问题后，有关地方和单位追回资金9.05亿元，取消或调整待遇1.91万户，清理收回住房3183套，处理处分315人。
（三）水利和粮食收储等涉农专项资金审计情况。从审计21个省和59个县相关资金管理使用情况看，随着财政投入力度加大，农业水利基础设施建设进度加快，粮食收储和价格形成机制逐步理顺，农业供给侧结构性改革稳步推进，但有些地方落实相关政策措施还未完全到位。抽查41个县的涉农水利建设项目中，有27个县的342个项目（涉及投资143.23亿元）建设未达计划进度，27个县已建成的105个项目（涉及财政投入15.01亿元）因管护不到位、配套设施不完备等效益不佳；抽查粮食收储情况发现，由于政策性粮食收储季短、手续繁琐，检验程序有的达到10道，走访的675户农民中仅有8户在收储点售粮；抽查的610.05亿元涉农资金中，发现违法违规和损失浪费问题78.8亿元（占13%），还有26.29亿元闲置，其中4.06亿元闲置两年以上。
审计指出问题后，有关地方补发、追回专项资金等2.58亿元，统筹整合1116万元，处理处分12人，完善规章制度9项。
（四）自然资源资产管理和节能环保资金审计情况。从审计40个地区自然资源资产管理和18个省节能环保资金使用情况看，有关地方加强环境保护和生态修复，积极推进节能环保重点任务和重大项目建设，资源能源利用效率明显提高，局部环境质量趋于好转，但一些地方自然资源资产开发利用和管理还不够严格。审计的40个地区中，有29个未经批准占用2947.14公顷耕地和2.1万公顷草原、林地，进行房地产开发或采矿等；11个地区已出让的1256.25公顷土地长期闲置，或用于国家明令限制、禁止供地的项目；林地、草原等自然资源资产核算口径不够衔接，抽查地方国土与林业部门公布的林地面积，差异最大的近6成，甚至出现将已退耕还林土地重新确权为耕地等情况；全国草原面积数据自上世纪80年代普查后未再更新，与有些地方现实情况存在差异，影响草原生态保护政策实施及相关财政补助分配的准确性。
