一是，有些地方精准识别等基础工作还不够扎实。有105个县的11.34万名建档立卡贫困人口基本信息不准确或未及时更新，有的已置办高档轿车、商品房等却未及时退出，个别村干部还采取分户拆户等方式将亲属纳入建档立卡对象。有些扶贫措施与困难学生资助、低保、医疗等政策衔接不够或数据不共享，有43个县的2.99万名贫困家庭子女未能按规定享受助学金等教育扶贫资助；有58个县的22.12亿元扶贫贷款和贴息补助未按规定使用；有55个县的367个易地搬迁和以工代赈项目存在前期论证不充分、扶助对象不精准、执行政策不严格等问题；健康扶贫政策在54个县未得到完全落实。
二是，有的地方存在追求短期效应倾向。有53个县的189个项目因脱离实际、管护不到位等，建成后改作他用或废弃，涉及扶贫资金1.41亿元；有24个县的56个项目与贫困户利益联结较弱，集中在龙头企业或合作社，存在“垒大户”、“造盆景”现象，涉及扶贫资金5643.68万元；有32个县的81个项目在资金分配中搞简单“平均主义”，涉及补助1.33亿元；19个县已脱贫人口中，有1.7万人存在多计预期收益或义务教育、基本医疗、住房安全“三保障”未落实等被提前脱贫问题。
三是，基层扶贫资金统筹和监管还未完全到位。有119个县财政涉农资金统筹整合试点推进慢，基本还按原渠道、原方式，分头申报、实施和管理，其中84个县形成闲置资金19.54亿元，有6.23亿元闲置两年以上。资金日常监管还不严格，有96个县发生骗取套取、违规使用等问题297个、涉及扶贫资金3.81亿元；阳光化管理要求未能有效落实，有41个县的568个项目未按规定公开公示。
审计指出问题后，有关地方和部门已追回或盘活扶贫资金6.48亿元，促进完善规章制度42项，处理处分44人。
审计报告出炉的第一时间，两位权威人士针对报告进行了解读：
持续跟踪查偏纠错
写在158个贫困县扶贫审计结果公布时
国务院扶贫办综合司司长苏国霞
党的十八大以来，审计署不断加大对财政扶贫资金的审计力度，对于改进扶贫资金管理制度、堵塞制度漏洞、查处违法违纪违规行为起到积极作用。在2013年、2016年两次对扶贫最近的专项审计基础上，今年审计署组织相关特派办与地方审计机关对20个省区市的158个县开展了审计，重点内容除2016年财政扶贫资金管理使用情况，还增加了扶贫政策措施落实情况。保持了对脱贫攻坚的持续关注，拓展了监督范围。
