戴梦华律师还认为，即使合议庭最终认定被告人陈英旭贪污犯罪成立，但陈英旭主动要求两家公司终止相应合同、退还款项的行为，应认定为犯罪中止。
但杭州中院认为，被告人陈英旭及其辩护人要求宣告无罪的辩解和辩护意见，与法律事实不符，法院不予支持。陈英旭指使他人将在高博公司和波易公司账户上的科研经费采用虚列支出等方式冲账套现，属贪污既遂，故陈英旭辩护人所提陈英旭属于犯罪中止的辩护意见没有法律依据，法院不予采纳。
戴梦华律师认为，陈英旭有自首情节，其在审计署介入、审计结论做出前，主动要求两家公司将款项退还给浙江大学，未对国家财产造成任何损害，应当免除处罚。
但杭州中院认为，2012年6月27日在有关部门已经掌握陈英旭套取国拨专项科研经费的情况下，将其叫至浙江大学进行组织谈话，丧失投案条件，依法不构成自首，但鉴于陈英旭在立案前全部退交赃款，未给国家造成实际损失，酌情可以从轻处罚。
戴梦华认为，最后的判决结果，体现了一种折中：贪污900多万元，本应处刑15年以上，但最后判下来是10年，说明法院确实酌情作了考虑。
据他透露，判决宣布后，陈英旭表现得比较失望，情绪比较低落，但是否会上诉还未确定，“我估计即使是上诉，效果可能也不会好”。
戴梦华律师还认为，此案也体现了当前我国科研管理中的漏洞和弊病。
首先是经费到位的问题，苕溪课题从2005年开始做申请准备工作，2008年8月通过专家论证，经国家水专项领导小组批准启动后实施，实施期限为2008年8月至2010年12月。然而，国拨经费直至2009年4月才到位，地方财政的配套资金却迟迟无法落实。课题实施时间短，经费拨付又存在滞后性。因此，很多研究工作很难在实施期限内完成或达到良好的效果。
其次，苕溪课题从申报到正式运行，一直缺少相应的规范文件来制约管理。有关经费管理最为重要的《民口科技重大专项资金管理暂行办法》是2009年9月出台的，有关垫付和归垫的规定《关于加强和规范民口科技重大专项资金垫付与归垫管理有关事项的通知》是2010年11月出台的，有关验收的文件《水体污染控制与治理科技重大专项验收暂行管理细则》是在2011年7月出台的征求意见稿。
“凡此种种与水专项相关的管理规约都是在苕溪课题实施过程中出台，对于苕溪课题任务组来说，对水专项课题实施和经费的管理，都是一个摸索的过程。”戴梦华说，“另外，国家至今未对科研项目立法，散见的都是相关部门的管理规定，各个规定之间也存在矛盾和冲突，亦存在漏洞和不明确的地方，这些问题让科研工作者感到茫然不知所措，出现相关经费使用问题也是事出有因。”
