炎症反应是先天性免疫系统的一部分。当组织受到微生物或毒素侵袭，或遭遇创伤时，就会出现炎症反应。芬奇指出，医生们早就注意到了炎症反应。大约2 000年前，古罗马的奥鲁斯·科尼利厄斯· 塞尔苏斯 ［Aulus Cornelius Celsus，百科全书 《论医学》 （De Medicina）的编撰者］就在书中描述了炎症的4种重要标志：发热、发红、肿胀和疼痛。

芬奇解释说，发热来自我们细胞中的“能量工厂”线粒体，它们将能量以热量形式散发。这是一种消毒机制，他解释说，“很多细菌在温度超过40℃时就无法复制、繁殖”。而肿胀则是受损细胞释放物质，让血细胞把液体渗漏到周围组织的结果，以将受伤区域与周围的健康组织隔离开来。

芬奇开始检测那些与宿主防御相关的、人类特有的基因变化。他很快注意到了编码载脂蛋白E（APOE）的基因的变化。这个基因对脂质的运输和代谢、大脑的发育和免疫系统的运行都有重要作用。在人体中，它主要有3种类型（等位基因），其中编码APOE e4和APOE e3的基因最为常见。

APOE e4的DNA序列和黑猩猩的APOE很接近，这意味着，APOE e4很可能出现在200万年前，人属刚刚进化出来之时，是最早影响人类寿命的一种载脂蛋白。

与黑猩猩的载脂蛋白相比，APOE e4在几个重要的氨基酸位点上有所不同，大大提升了炎症反应的速度。APOE e4还可以促进白细胞介素-6（导致体温升高）和肿瘤坏死因子α（引起发热，阻止病毒复制）等蛋白质的合成。因为拥有强大的防御系统，早期人类的儿童吃到或碰到有害微生物时，会比黑猩猩更容易度过难关。

“当人类从树上爬下来，迁徙到大草原，”芬奇注意到，“他们接触到病原体的几率大大增加。草原上食草动物的粪便没过膝盖，而人类只能光着脚走路。”