依据上述法律法规，新疆按照“保护合法、制止非法、遏制极端、抵御渗透、打击犯罪”原则，既充分尊重和保障公民宗教信仰自由等权利，保护合法宗教活动，满足信教群众正常宗教需求，维护公民和组织的合法权益，又严厉打击各种形式的恐怖主义，禁止利用宗教传播极端思想、煽动民族仇恨、分裂国家等违法犯罪行为。自2014年以来，新疆打掉暴恐团伙1588个，抓获暴恐人员12995人，缴获爆炸装置2052枚，查处非法宗教活动4858起、涉及30645人，收缴非法宗教宣传品345229件。
新疆司法机关始终坚持以事实为依据、以法律为准绳，全面贯彻执行宽严相济刑事政策，对组织、策划、实施暴力恐怖和宗教极端违法犯罪活动的首要分子、骨干成员、罪行重大者，以及曾因实施暴力恐怖、宗教极端违法犯罪活动受到行政、刑事处罚或者免予刑事处罚又实施暴力恐怖、宗教极端犯罪活动的人员，依法从重处罚；对罪行较轻，危害不大，能认罪悔罪者，以及未成年人和受蒙蔽、胁迫参加者，依法从轻处罚；对自首、立功者依法从轻或减轻处罚，充分发挥刑罚的教育改造和预防犯罪作用。在依法惩治犯罪的同时，司法机关通过依法保障被告人的辩护权、使用本民族语言文字诉讼等权利，体现程序公正和对公民基本权利的保护。
新疆依法开展去极端化工作，治理非法宗教活动、非法宗教宣传品、非法宗教网络传播，有力遏制了宗教极端思想的滋生蔓延。宗教极端主义干预行政、司法、教育、婚姻、医疗等现象得到有效遏制，学生入学率、巩固率大幅上升，群众对宗教极端思想危害性的认识明显提高。在依法去极端化的同时，新疆也加大对合法宗教活动的保护力度，相继出台或修订了《新疆维吾尔自治区宗教事务条例》等有关宗教事务管理的地方性法规。这些地方性法规明确了宗教团体、宗教活动场所、宗教教职人员的权利和义务，明确了合法宗教活动与非法宗教活动的界限，为各族群众进行合法宗教活动提供了法治保障。特别是近年来，扎实推进“七进两有”（水、电、路、气、讯、广播电视、文化书屋进清真寺，主麻清真寺有净身设施、有水冲厕所）、“九配备”（配备医药服务、电子显示屏、电脑、电风扇或空调、消防设施、天然气、饮水设备、鞋套或鞋套机、储物柜），极大地改善了宗教活动场所和宗教活动条件，保障了信教群众的正常宗教需求。
