（二）部长级会议：包括双部长会议以及专业部长会议。双部长会议每年在领导人会议前举行一次。专业部长会议定期或不定期举行，包括贸易部长会、财长会、中小企业部长会、能源部长会、海洋部长会、矿业部长会、电信部长会、旅游部长会、粮食安全部长会、林业部长会、结构改革部长会、交通部长会、人力资源部长会、妇女与经济高级别会议等。
（三）高官会：每年一般举行4至5次会议，由各成员指定的高官（一般为副部级或司局级官员）组成。高官会的主要任务是负责执行领导人和部长会议的决定，审议各委员会、工作组和秘书处的活动，筹备部长级会议、领导人非正式会议及协调实施会议后续行动等事宜。
（四）委员会和工作组：高官会下设4个委员会，即：贸易和投资委员会（CTI）、经济委员会（EC）、经济技术合作高官指导委员会（SCE）和预算和管理委员会（BMC）。CTI负责贸易和投资自由化方面高官会交办的工作，EC负责研究本地区经济发展趋势和问题，并协调经济结构改革工作，SCE负责指导和协调经济技术合作，BMC负责预算和行政管理等方面的问题。各委员会下设多个工作组、专家小组和分委会等机制，从事专业活动和合作。
（五）秘书处：1993年1月在新加坡设立，为APEC各层次的活动提供支持与服务。秘书处负责人为执行主任，2010年起设固定任期，任期三年。现任执行主任为博拉德博士（Dr. Alan Bollard，新西兰籍），马来西亚贸工部前秘书长丽贝卡·玛利亚（Rebecca maria）将于2019年1月接任下届执行主任。
【主要议题】作为区域经济合作论坛，亚太经合组织主要讨论与全球和区域经济有关的议题，如贸易和投资自由化便利化、区域经济一体化、互联互通、经济结构改革和创新发展、全球多边贸易体系、经济技术合作和能力建设等。
