2015年，审计部门发现，耿昭涉嫌虚开发票套取科研经费，将该线索交由检察机关侦查。检察机关立案后，于2015年10月28日通过山东大学医学院党委通知四人接受调查。耿昭到案后，主动交代了检察机关尚不掌握的上述伙同另外三人套取经费、注册公司、私分注册资金的事实。
认定自首情节
2016年12月，济南市天桥区人民法院作出一审判决，鉴于本案赃款均已追回，判处陈哲宇有期徒刑四年，并处罚金25万元；判处耿昭有期徒刑两年六个月，缓刑三年，并处罚金16万元；判处王越有期徒刑两年，缓刑两年，并处罚金15万元；判处黄淑红有期徒刑两年，缓刑两年，并处罚金15万元。
耿昭服判不上诉，其他三人均不服判决，分别提出上诉。其中，陈哲宇的理由是：1、注册公司的50万元并非来自学科建设经费和相关项目科研经费；2、他的行为仅仅违反山东大学的财经管理规定，并不构成犯罪；3、原判适用法律错误，其在科研活动中从事的是劳务而非公务，并非国家工作人员。
陈哲宇的代理律师还提出，私分的50万元包含注册公司的利润，利润非公款，原判认定50万元全部系公款不当；过去我国科研经费管理制度滞后，陈哲宇分配50万元的方式不合规范，不宜以犯罪处理；另外，陈哲宇系自首，且主观恶性不深，具有从轻情节，原判量刑重。
济南市中级人民法院在评判时对陈哲宇及其代理律师提出的上述多条理由予以反驳，但是认定了陈哲宇的自首情节。
陈哲宇案经媒体报道后，曾引发对科研人员保护以及科研经费管理等话题的广泛讨论。为此，济南市中级人民法院在评判陈哲宇及代理律师提出的理由时解释说，陈哲宇作为山东大学科研人员，在为国家科研事业作出工作的同时，也享受了国家提供的科研经费等支持，同时其亦须遵守学校乃至国家制定的现行有效的管理制度，现行制度处于不断完善过程的事实并不能成为其违法犯罪行为的理由。
最终，四人均获减刑，二审判决为，判处陈哲宇有期徒刑二年六个月，并处罚金20万元；判处耿昭有期徒刑一年，缓刑二年，并处罚金11万元；判处王越有期徒刑九个月，缓刑一年，并处罚金10万元；判处黄淑红有期徒刑九个月，缓刑一年，并处罚金10万元。
