但在一个月后，有人连续发布11篇博客，以图片和文字的形式指控段振豪包二奶、养私生女、找小三和小四。帖子还指出，段振豪包养二奶的费用来自科研经费。
在接受媒体采访时，段振豪表示帖子是他妻子所发，但对指控内容全盘否认，称只是捐精给对方生孩子。这一说法当时引发舆论关注。
同年7月21日，中科院地质与地球物理研究所在其网站发布声明，称发现段振豪虚报冒领差旅费涉嫌贪污，中科院监察审计部门已将其移送司法机关。
2013年1月，北京市一中院审理认定，段振豪与该案另一被告人共同贪污124万。除此之外，段振豪单独贪污5.85万，另一被告单独贪污17.85万，最终以贪污罪判处段振豪有期徒刑13年。
一审判决后，段振豪以量刑过重为由提出上诉。2013年10月，北京市高院作出判决，维持原判。
