如果说在张献忠入川后发动大规模屠蜀或镇压官僚士子事件的话，上述原明官吏转到大西政权寻求保护，或是知识分子在新朝积极考取功名的现象是不可能出现的。无论怎样都得承认，“大西军占领四川的初期，各地社会秩序比较稳定，地主豪绅既有攀龙附凤之心，又慑于大西政权的兵威，阶级冲突并不十分尖锐。因此，大西政权采用暴力镇压的措施相当有限，杀人并不多。”
重庆失守屠杀开始
1645年发生在重庆的一场战役改变了张献忠“僭位之初，假施仁义，以博民心”的想法，这年春天，明总兵曾英击败大西军守将刘廷举部，攻占了重庆，张献忠派大将刘文秀率几万士兵反攻重庆，却被曾英部击退。重庆失守，对张献忠来说，不仅仅是一次军事上的失败，鉴于明朝将领据有綦江、黎雅、叙州（宜宾）等重镇，四川南部沦为弘光政权伙同四川官绅地主颠覆大西政权的重要基地。
张献忠对朱明宗室深恶痛绝，入川后即下令：
凡王府室支，不分顺逆，不分军民，是朱姓者，尽皆诛杀。
为了防范敌探奸细，还推行了严格的户籍、城禁和特务制度。几十万大西军的粮食问题通过没收和打粮这种暴力方式解决，当时的四川，家有余粮的固然主要是地主，可这种见粮就抢、见猪就杀的政策，必然会触及一般农民的利益，这些情况发生在政权初建，敌对势力尚未反扑时尚没什么危害，可一旦所有反对者在南京弘光朝廷号召下集合起来，趁机反扑，大西政权必然在四川站不住脚。官绅地主是敌对势力，要消灭掉，于是张献忠于1645年举行“特科”，将来成都参加考试的各府县生员约5000多人全部杀光，听说自己所选“府、州、县官，有到任两三日即被杀害，甚至有一县三四月内连杀十余县官者”，张献忠怒不可遏，又派军队对当地居民实施屠杀。而僧道、医卜、阴阳诸流，及百工技艺人，这些流民中的各类人员，自然也难逃被杀厄运。
明末张献忠铸“西王赏功”铜钱
明末张献忠铸“大顺通宝”铜钱
一旦按下屠杀这个按钮，张献忠的大西政权就像上了发条的杀人机器一样，再也停不下来。怀疑叛乱的分子潜藏在城市中内应外合，张献忠竟然做出“除城尽剿”的决定，分遣军队到所属州县搜杀百姓，连西京成都也不放过，《圣教入川记》中，详细记载了西方传教士目睹张献忠下令将成都“城内居民一律杀绝”的残酷情形。
为什么张献忠在统治四川前后期会出现如此巨大的反差，学者杨鸿基认为，大西军之所以会发生“以杀戮为威，而剿洗之兵四出”的现象，是由于各地“义兵”把张献忠“所置郡县贼吏”“群起而杀之”的结果，大西军一味用杀戮和剿洗去平息反对势力的方法，恰恰暴露了张献忠“非帝王之器，无绥靖之能”，也揭示了大西政权的根本弱点。
不过张献忠之屠蜀导致四川人口急剧下降的论断，多少有失偏颇。明朝军阀的屠戮平民、清军的滥杀无辜，连年兵荒马乱导致的生产大面积停顿，人民大批量地逃亡，都是导致四川许多地方荒无人烟、人口锐减的原因，按顾诚说法，“直到张献忠牺牲，大西军转入云贵时，四川遭受的破坏还是比较有限的”。
江口之战为寻宝埋下伏笔
1646年正月，人心尽失的大西政权在四川逐渐失去控制能力，只能把兵力集中在成都附近，为了挽回局势，张献忠命孙可望、刘文秀、王尚礼等率军南征，张献忠亲率大军攻杨展于嘉定，结果在彭山江口被杨展所败，退归成都。就是在彭山江口，张献忠为他的金银珠宝埋下了伏笔。
