1945年2月4日至2月10日日军在巴石河南岸肆意奸淫屠杀，烧毁了教堂和图书馆， 将避难所的3000名难民烧死，2月5日勒令城中男女分开排列街上，将男子用机关枪射杀，女子肆意强奸后射杀，来不及杀害的无辜百姓则用手榴弹爆炸，尸横遍地。
此役日军战死者约12000人、美军战死者约1020人，战伤5565人。平民百姓死伤约10万人至15万人之间，约为当时马尼拉人口数的百分之十。至1945年9月日本宣布投降为止，在战争中死亡的菲律宾军民超过百万。
战后成为菲律宾总统的艾尔皮迪欧·季里诺，妻子与五个儿女中的三个都在屠杀中遇害。日后在韩战期间，菲律宾政府对日本提出80亿美金的战争赔偿，遭到日本拒绝后，时任总统的季里诺立刻在一天之内将14名日本战犯处决。
战后据统计，马尼拉围城期间，死亡的菲律宾人总数达10万人以上，平均每天有3000人遇害。考虑到美军攻城期间也动用了大量重武器，10万人中有一部分死于美日两军的交火。但大部分菲律宾人肯定是死于日军有组织的大屠杀。美军缴获了一份这样的日军命令：“杀死菲律宾人时，尽量集中在一个地方，采用节省弹药和人力的方式进行，尸体的处理很麻烦，应把尸体塞进预定烧掉或炸毁的房屋里，或扔进河里。”
一名被日军割掉嘴唇的菲律宾妇女
浩瀚历史，藏着无数罪恶与掠夺，马尼拉大屠杀便是血淋淋的一桩。马尼拉大屠杀，让全世界人民对日本法西斯的罪行深恶痛绝。
