他还交代，见小女孩已死，他就把手伸进小女孩的下体……“我把小女孩放到竹筐里，后来王本余回来了，我说我把小女孩掐死了。到了晚上，王本余骑着三轮车，把筐装到车里，我们骑车去了王大汉营子方向，在公路一个有桥的地方，把筐扔到桥下。”
李彦明的交代引起办案机关高度重视。北京市检察院副检察长、时任北京市检察院二分院检察长卢希认为，王本余案为错案的可能性较大，检察机关对发现的问题应依法履行法律监督职责，决不能置之不管；必须掌握第一手情况，尽快赴王本余服刑监狱听取他的供述及辩解。“要使真正的罪犯受到应有的惩罚，维护社会公平正义。”
该院立即组成调查小组前往内蒙古调查。该院未检处检察官孙威作为李彦明案承办人，全程参与了案件调查和办理。2012年12月，他见到了正在内蒙古伊金霍洛监狱服刑的王本余。王本余向他讲述了案件经过：
1994年，他孤身一人带着时年6岁的养女王俊，从四川老家来到包头靠蹬三轮谋生，父女二人相依为命。由于他个子矮小，经常受欺负，李彦明常替他打抱不平，两人便成了朋友。后来，李彦明搬到王本余租的房中同住。一天，李彦明被一个人酒后殴打，他为了报复就杀害了这个人的小孩。出于哥们儿义气，他知道李彦明杀人而没有告发，还帮李彦明抛尸。之后，李彦明逃离包头，王本余被抓并被认定为凶手。
“王本余坚称自己没有强奸杀人，实属冤枉，希望检察机关为他申冤。”孙威说。
检察官发现诸多疑点
在对王本余案当年多本卷宗认真仔细研究后，调查组发现，王本余故意杀人案存在一些疑点：
首先是王本余的供述。王本余案发后共有10次供述，除了2次有罪供述，其他8次均指证李彦明杀人。两次有罪供述也存在出入：一次称在红旗卫生院将周小琳骗走，而周小琳的父亲周建刚则称女儿在学校附近失踪；王本余供称作案时小女孩带着一个书包，而周建刚称女儿的书包在学校。另一次供称，他先后拦截过两个女孩没成功，将第三个女孩周小琳带走；侦查机关查找到的一名证人系一名8岁女学生，这名女生仅证明王本余问她“要钱吗”，并未拦截，另一个被拦截的女孩没找到。
其次是强奸的证据。王本余供称在周小琳体内射精，但案发后司法鉴定并没有在周小琳体内、体外及衣物上找到精斑。
再次是李彦明是否有作案时间。王俊和当时的一位邻居作证称，李彦明在案发前已离开包头，故“李彦明不具有作案时间”；另外两名证人则称李彦明系案发后第二天离开，“李彦明有作案时间”。李彦明是否有作案时间，证据间存在矛盾。
最后是王俊的证言有疑点。她指认父亲王本余杀害了周小琳，所作的两份证言引起调查组的注意：一份有她的签名，一份没有她的签名，“王俊当时只有8岁，作证情形是否符合刑事诉讼法的规定？”
王本余被刑拘后，王俊被送到福利院，并且改了名字，长大后离开福利院不知去向。2013年3月，几经周折，调查组找到了已经远嫁福建的王俊。王俊回忆，当天李彦明就在家里，她放学回到家找东西时碰了装尸体的竹筐，竹筐的盖子就打开了一点，她看见里面装着一个与她年龄相仿的女孩，“李彦明当时还大声吼了我！”第二天早上，王本余告诉她李彦明被送走了。
“这证实李彦明有作案时间，也否定了王本余案卷宗中‘李彦明没有作案时间’的证据。”孙威分析道。
为核实李彦明有罪供述情况，北京市检察院二分院委托公安部法医鉴定中心对周小琳伤情形成原因进行鉴定。李彦明坦白周小琳下体伤情是其用手抠形成，而王本余供述称是性交导致。公安部的物证检验意见书证明，会阴部损伤符合钝性物体作用形成，男性性器官单独作用难以形成。
