不过，他的走出也带走了一批“徒子徒孙”，这些人过去虽然身在国民党，却都和李登辉一样，心系“台独”，企图将“中国国民党”改造成“台湾国民党”。

2001年，李登辉和这些徒子徒孙们成立了主张“极端台独”的“台湾团结联盟”（也称台联党），他被奉为精神领袖。

而这场岛内领导人选举给国民党带来的另一场分裂，则是宋楚瑜和宋系人马的出走。他们于2000年的“大选”后成立亲民党，并吸纳了不少原国民党成员。

从“非主流派”出走成立新党到宋楚瑜出走成立亲民党，再到李登辉本人辞职和成立台联党，国民党一次次遭受分裂的打击。在这一方面，李登辉难辞其咎。

从这个角度说他是国民党的背叛者，搞垮国民党，并不过分。

然而更能证明李登辉是国民党背叛者的，是他“身在曹营心在汉”，故意养大对手——和他一样有“台独”理念的民进党。

1988年，主张“台湾独立建国”的“台独联盟”被获准连续两年在台湾举行年会。1990年，李登辉邀请流亡海外的“台独大佬”辜宽敏等回台参加“国是会议”。同样在这一年，李登辉特赦黄信介等34名“美丽岛叛乱犯”，并引用“赦免法”让他们可以参加选举。这些特赦的“叛乱犯”，许多都成为民进党的“中流砥柱”。

1992年5月，在李登辉的授意与推动下，台“立法院”通过“刑法”第100条的修正案，删除了有关“台独”入罪的内容。从此，海外“独派”人士纷纷回台，岛内“独派”运动风起云涌，民进党势力和政治影响力不断扩大。

对于宽容民进党的行为，李登辉还冠冕堂皇地提出过“奶水说”，意思是在实行“政党政治”情况下，国民党这样的一个大党要有胸襟，要给民进党一些“奶水”，让民进党能够长大。许历农就曾当场问他：“那长大之后怎么办？”但李登辉没有回答。

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