1928年底，张学良宣布“东北易帜”，南京国民党政府完成了形式上的统一。同年，国民党为了接管原北洋政府蒙藏院的职能，成立蒙藏委员会。第一任蒙藏委员会秘书长为阎锡山，该机构为国民党管理西藏、蒙古事务的最高行政机构。
迁移成吉思汗陵
在国民党政府统治中国大陆期间，蒙藏委员会在维护国家统一方面，做出了一定的贡献。
此时，蒙古的最大威胁从俄国换成了日本。九一八事变后，伪满洲国在东北建立，一些蒙古王公在日本的帮助下，企图实现所谓内蒙古“自治”，以德王为首的蒙古王公，在百灵庙召开会议，要求组建“内蒙古自治政府”，德王的要求不符合政府的既定方针。蒙藏委员会成员几经与德王等人磋商，缓解了内蒙古政治危机。
卢沟桥事变后，内蒙古西部地区面临着严重的威胁，据情报显示，德王有可能与日本勾结劫夺成吉思汗陵寝，借以获得巨大的政治能量。1939年，成吉思汗陵主祭官经蒙藏委员会向蒋介石提出，迁移成吉思汗陵。蒙藏委员会主张迁陵，其认为一旦丢失成陵，将会削弱蒙古同胞的向心力。
当年6月，在委员会的主导下，成陵开始西迁，最终到达甘肃榆中县兴隆山。
一路上，各地举办了盛大的仪式，此次迁陵活动，充分肯定了成吉思汗的历史功绩，认定成吉思汗是中华民族的英雄。
1941年，蒙藏委员会委员长吴忠信前往兴隆山，这是民国政府首次派遣大员拜谒成吉思汗陵。
驻藏办独木苦撑
抗战时期，西藏是后方中的后方，但在平静的外表下，蒙藏委员会驻藏办事处在拉萨经历了看不见的硝烟。
驻藏办的成立始于一次良机。1938年，西藏人员在青海寻访到十三世达赖喇嘛的转世灵童，西藏方面本想保守秘密，以候选幼童的名义将该灵童低调请回拉萨，之后绕过国民政府直接认定坐床。
国民政府认识到，达赖喇嘛的转世是调整双方关系、行使国家主权的一个机会。在得知青海灵童被西藏认定为转世后，国民政府下令青海省政府严防拉萨方面将灵童秘密请回西藏。西藏方面碰了钉子，便接受蒙藏委员会委员长吴忠信作为特派大员亲自入藏主持转世灵童坐床。在藏期间，吴忠信促成了蒙藏委员会驻藏办事处的设立。
