行政管理方面，漓江虽然是国家AAAAA级景区，但它又是一条开放性的自然河流，具备适航条件，也是沿岸居民生产生活的重要资源，依照我国现行管理体制，海事部门负责游船的运输安全，园林部门负责两岸绿化美化，农业部门负责两岸农业生产，渔政部门负责水面及流域的渔业生产，环保部门负责环境保护，市容部门负责卫生保洁，旅游部门通过景区服务标准对旅游服务进行业务指导，安全生产监督管理部门负责安全生产，漓江管理局负责治安、建设和保护，沿岸基层政府管理社会民生，众多部门共同管理漓江，却在诸多环节或者出现管理空档，或者产生管理重叠，职责边界不清，管理效率低下。以市场监管为例，近年来不但投诉较为集中，也发生了数次安全事故。要从根本上解决漓江旅游市场秩序问题，必须从旅游资源管理一体化入手。目前，桂林市已经在着手考虑设立漓江风景名胜区管理委员会，并以此为平台，将上述相关部门的管辖区让渡到管委会手中，实行统一管理协调。新机构设立后，漓江旅游多头管理的突出问题有望得到较好解决。
经营机制方面，目前的漓江景区仍然实行1988年确立的“四统一”管理体制，即“统一调度、统一票价、统一售票、统一结算”。当年推行“四统一”，是在计划经济条件下，为了有效扼制恶性降价竞争而采取的行政措施，当时也确实起到了较好的效果，漓江游船企业效益普遍上升，地方政府也从中获得较大收益。以2007年为例，漓江主要航线(磨盘山、竹江码头一阳朔码头)承载游客达230万人次，地方政府直接获利2.3亿元(不含税收部分)，各游船企业也赚得盘满钵满。近年来，我国旅游业迅猛发展，旅游市场发生了极大变化，旅游者的需求多样性日显突出。在市场格局发生巨变的情况下，漓江经营仍然坚守“四统一”，已经明显不合时宜，具体表现有：游船企业积极性无法调动，游船服务严重落后于市场需求，服务质量屡遭投诉。至2013年，漓江主要航线承载游客约为130万次，较2007年下降了约40%，政府收入大幅下降，游船企业面临收入减少和成本上升的双重压力，更是亏损重重，苦不堪言。由于效益不佳，人才大量流失，服务质量呈现明显滑坡。2011年，国家旅游局对漓江景区下达了整改通知书。虽然地方政府通过加大基础投入、严格质量监督等手段，在规定时间内完成了整改要求，但漓江旅游发展的深层次矛盾并没有得到切实解决。
