农村合作医疗除了国家补助的标准多了以外，还有很多好处，比如说，乡镇医院的报销比例从原本的40%提高到了55%，县级医院的报销标准从30%提高到了40%；贫户困有了大病保险；增加了报销药品的品种数量等。
农村合作医疗好处这么多，但有五种情况是不能报销的。
1、车祸、打架、自杀、酗酒、工伤事故和医疗事故的医疗费用；
工伤、车祸这种有第三方赔偿的情况，不在农村合作医疗的报销范围之内。
2、自行就医（未指定医院就医或不办理转诊单）、自购药品、公费医疗规定不能报销的药品和不符合计划生育的医疗费用；
如果村民认为有更好的医院能对自己的病情有帮助，但没得到现住医院的转院允许，转院后的费用不予报销。
3、诊治疗费、出诊费、住院费、伙食费、陪客费、营养费、输血费（有家庭储血者除外，按有关规定报销）、冷暖气费、救护费、特别护理费等其他费用；
以上几种费用不在农村合作医疗报销费用之内。
4、矫形、整容、镶牙、假肢、脏器移植、点名手术费、会诊费等；
5、报销范围内，限额以外部分。
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