根据MIT发布的年报，近年来，美国国防部提供的研发经费占到MIT全校研发经费的18%左右，是MIT的第三大经费来源，超过美国国家科学基金会。
国防实验室落地顶尖高校
美国国防部只有3个技术研发类国家实验室。分别是软件工程研究所、通信和计算中心和建立在MIT的林肯实验室。软件工程研究所、通信和计算中心由国防部和其他机构联合领导，林肯实验室则由国防部单方负责，且是其中唯一涵盖多个国防技术领域的综合性实验室。
1945年底，“雷达实验室”解散，部分专家留在MIT继续从事科研工作。1951年，随着冷战的开始，美国空军网罗电子领域专家在MIT成立林肯实验室，专注于电子技术开发，很多专家都是“雷达实验室”的老员工。SAGE项目的大型计算机正是由林肯实验室研制。1973年，美国国内反越战浪潮升级，学生抗议MIT从事军事研究项目，校方索性将所有的国防项目全部迁入林肯实验室，该实验室进一步壮大，研究范围迅速扩展。
现在，林肯实验室已经覆盖太空技术，防空、导弹和海防技术，通信系统，网络安全与信息科学，情报、监视和侦察系统，新兴军事技术，战术系统，国土保护，空中交通管制等国防科技领域，并且仍在根据需求不断拓展。2019年2月，林肯实验室联合MIT电子技术实验室成立量子工程中心。近年来，太空技术和通信系统是其重点研究方向，科研经费占比将近30%。
林肯实验室现有雇员3400多人，年科研经费约10亿美元，其中90%来自国防部。MIT军工成就非凡，林肯实验室作了突出贡献，其国防经费占MIT全校国防经费的75%。
