（4）摩洛民族解放阵线（Moro National Liberation Front，简称摩解）：南部穆斯林武装组织。1968年创立，旨在棉兰佬地区建立独立的伊斯兰国家。1987年南部各省举行公投，建立由棉兰佬岛四省组成的“棉兰佬穆斯林自治区”（ARMM），密苏阿里任主席。1996年，政府与摩解达成和平协议。2001年，密苏阿里与阿罗约政府发生利益冲突，其支持者于11月在霍洛岛发动武装叛乱。政府迅速平叛，宣布密犯有叛乱罪。密潜逃至马来西亚沙巴，被马政府逮捕并于2002年1月引渡回菲。2007年2月，阿罗约总统下令执行与摩解的和平协议条款，希望通过和平、发展、多种信仰对话及国际合作实现与摩解的最终和解，解决菲南部冲突。
（5）摩洛伊斯兰解放阵线（Moro Islamic Liberation Front，简称摩伊解）：菲最大的穆斯林反政府组织。现有武装力量12500人，主要活跃在棉兰佬岛。1978年，以哈希姆·萨拉马（Hashim SALAMAT）为首的强硬派从摩解脱离后建立。2003年萨拉马去世后，穆拉特（Al Haj Ebrahim MURAD）任主席。主张建立独立的伊斯兰国家，坚持武装斗争。摩伊解与政府虽多次签署停火协议，但均未能得到有效执行。2000年4月摩伊解与政府冲突升级为“全面战争”，摩伊解的营地被政府军全部攻占，其武装力量溃散后，继续以小股武装袭击政府军和民用设施。自2001年开始，阿罗约政府与摩伊解重开和谈，并曾签署停火协议与和平协议，但双方武装冲突仍时有发生。2003年，南部地区发生多起恐怖爆炸案件，政府认为是摩伊解所为，宣布通缉其主要领导人，威胁要将摩伊解列为恐怖组织。此后，在马来西亚协调下，双方进行多轮谈判，取得了一定进展。阿基诺总统主张同南部“摩洛伊斯兰解放阵线”等分离组织进行全面和谈，推动外国斡旋调停，促进国家团结和民族和解。2012年10月，菲政府同“摩伊解”达成和平框架协议，2014年3月正式签署。
（6）菲律宾共产党（Communist Party of the Philippines）：成立于1930年，1967年发生分裂。1968年，在何塞·西逊（Jose Sison）主持下进行改组重建，此后发展迅速，20世纪80年代中期党员达到3万多人。主张通过武装斗争和建立统一战线，夺取国家政权。1969年，菲共在中吕宋建立新人民军，开展武装斗争。新人民军现有1.1万人。菲政府自1993年起与菲共领导的全国民主阵线举行和谈。双方时谈时战，迄未达成实质性和平协议。“9·11事件”后，菲政府对新人民军采取了强硬措施，包括军事打击。2002年，菲政府将新人民军宣布为恐怖组织，并促使美国和欧盟也将新人民军列为国际恐怖组织，冻结其海外资产。菲共与政府关系破裂，双方和谈停顿。2004年2月和谈重启，但由于美国政府将菲共及其武装列入“恐怖组织”名单，导致导致谈判陷入停顿。2016年8月26日，菲总统杜特尔特派出和谈小组同菲共在奥斯陆达成十点共识，包括无限期停火、赦免政治犯、加快政治解决进程等。
