仲裁庭运转需要一笔巨额费用。据有关人士透露，本案仲裁员的薪酬高达每小时６００欧元，如按每日工作８小时计算，仲裁员每日薪酬为４８００欧元。另外，当事国双方还需缴纳启动资金５０万欧元。仲裁程序相关的所有开销都应得到偿付，包括差旅费、住宿费、电话费、传真费、复印费等等。
目前关于仲裁案律师团队费用等，尚无公开资料可以查阅。初步核算，三年来仲裁案大概费用开支约为２６００多万欧元，约占２０１５年菲律宾财政预算的两千分之一。这也意味着，临时仲裁庭完全由菲律宾“包养”。
以上数字和菲律宾专栏作家里戈韦托·蒂格劳的说法相吻合。蒂格劳１５日在《马尼拉时报》头版发表文章说，菲律宾为南海仲裁案请律师，共花费了３０００万美元。并要求美国为此“买单”。
在政治操弄下，由阿基诺三世政府强行推进而达成“非法无效”裁决，惹起菲律宾国内的怨声。“他们（美国）在南海没有主权声索，也不是《联合国海洋法公约》的缔约国……仲裁案给了美国干预南海事务的借口，美国中央情报局或者国务院应该给菲律宾报销这笔高昂的诉讼费和律师费。”蒂格劳说。
吴士存对此表示，与国际法院法官酬劳由联合国经费支付不同，临时仲裁庭仲裁员是明码标价、有偿服务。因中国不参与，因此整个案件所有费用完全由菲方承担，背后的猫腻不言自明。“仲裁庭也可以裁决自己没有管辖权，但如果这样的话，就意味着仲裁员们丢了自己的饭碗。”
事实再清楚不过了，南海仲裁案由始至终就是一场披着法律外衣的政治闹剧，其背后有着不可告人的图谋。
