“由于日本与中国存在钓鱼岛争端，柳井俊二别说兼顾考虑中方利益，就连保持起码的客观公正都不可能做到。”吴士存说。
另外，仲裁员当中，除代中方指定的帕夫拉克外，其余４人均作为其他仲裁案的仲裁员出席。其中门萨（５起）和沃尔夫鲁姆（３起）居多，门萨同时兼任三个仲裁庭首席仲裁员。
法律专家表示，这种充分参与的其他案件可能会产生严重影响，导致预设立场和预判结果的可能，一定程度上对仲裁庭的公正性造成减损。
以菲律宾指定的仲裁员沃尔夫鲁姆为例，据查证，其曾在２０１０年１２月至２０１５年３月仲裁的查戈斯群岛案（毛里求斯诉英国）中担任仲裁员。
沃尔夫鲁姆在查戈斯群岛案中，发表署名的联名反对意见，明确否认、批驳了英国的主张——案件涉及岛屿主权问题，故而仲裁庭不具有管辖权——认为案件所涉主权问题不影响仲裁庭的管辖权。
此外，在“北极日出号”案（荷兰诉俄罗斯）中，沃尔夫鲁姆虽不是仲裁员，但与另一法官联名发布单独意见，强烈批评俄罗斯“不应诉”。分析认为，这也容易造成对“不应诉”立场形成固有成见。
孔令杰表示，临时仲裁庭仲裁员的背景有明显瑕疵。如沃尔夫鲁姆一直以来都比较激进，在过往案例中热衷于“造法”，即把海洋法公约上一些界定模糊的地方根据主观认识来完善补充。
仲裁庭人员构成代表性不足等种种问题，在国际海洋法法庭也引发争议。国际海洋法法庭前庭长、佛得角籍法官叶肃斯表示，他对４位仲裁员均来自欧洲深表关切。特立尼达和多巴哥籍法官卢次基曾在仲裁庭组成过程中致信柳井俊二，认为中国是被迫陷入仲裁程序。俄罗斯籍法官戈利钦表示同情中方在本案中的立场。
国际海洋法法庭前法官图尔克认为，临时仲裁庭来自欧洲的仲裁员明显偏多。“南海争端的本质是领土主权争端，不是单纯的法律问题，任何将涉及领土主权争端的政治问题包装成法律问题的做法都是自欺欺人。”
更为不严肃的是，个别仲裁员和专家证人在审理过程中出尔反尔，竟然推翻自己以往长期坚持的观点。
在２０１５年１１月关于实体问题的庭审中，菲律宾所请专家证人斯科菲尔德教授，一改以往其学术成果中称太平岛为“岛”的说法，在本案中将其定性为“礁”。斯科菲尔德还曾撰文指出，南沙群岛至少存在１２个符合岛屿定义并可以主张专属经济区和大陆架的岛屿。然而在仲裁庭听证时，他却反口称南沙群岛没有一个岛礁可主张专属经济区和大陆架。
还有，荷兰籍松斯教授曾长期主张，确定岛礁的法律地位是海洋划界密不可分的组成部分。但成为本案仲裁员后，这位教授一改过去的立场，反而认为岛礁法律地位的判定可以与海洋划界问题脱钩，从而为菲律宾恶意规避中方有关海洋划界的排除性声明背书。
有偿服务由谁买单
外交部副部长刘振民１３日在新闻发布会上表示，仲裁庭５名仲裁员是挣钱的，挣的是菲律宾的钱，可能还有别人给他们的钱，但可以肯定的是他们是有偿服务的。
根据法律实践，一般而言，仲裁庭由双方协议组建，相关费用均摊。但在本案中，提供服务的常设仲裁法院秘书曾３次要求中菲缴纳费用，用于支付５名仲裁员薪酬、庭审房租等，维持仲裁庭日常运转。中国因不接受、不参与这一仲裁，一次也没有缴纳。菲律宾不仅缴纳了自己的份额，为了保证仲裁进行下去，还代替中国缴纳了中国的份额。据了解，仅在今年４月，菲律宾就向仲裁庭增缴了８５万欧元。
