“伊拉克伊斯兰国”日后变成了“基地”组织在伊拉克的分支，在前任头目死亡后，巴格达迪在2010年5月16日接任成为该组织头目，负责策划大规模恐怖袭击与武装叛乱。在巴格达迪指使下，在2011年3月至4月间，仅仅在巴格达南郊就发生了23起恐怖袭击。
2011年12月22日巴格达连环爆炸案现场，巴格达迪的“基地”组织伊拉克分支宣布对此负责
在“基地”组织的创立者与头目奥萨马·本·拉登于2011年身亡后，巴格达迪发表声明赞颂本·拉登并威胁要发动100次不同形式的暴力袭击为其复仇。随后，在5月、8月与12月，伊拉克希拉、摩苏尔与巴格达相继发生多次恐怖袭击，近200人死于自杀式袭击与路边炸弹袭击，逾400人受伤。那个曾经反对暴力的害羞的年轻人，如今已成了嗜杀成性的恐怖大亨。
“伊斯兰国”成立
小小的一方伊拉克渐渐已不能满足巴格达迪日益膨胀的野心，2013年时他宣布成立“伊拉克与黎凡特伊斯兰国”（ISIL，也称ISIS），进入已深陷内战泥潭的叙利亚。随后“伊斯兰国”与参与叙利亚内战的恐怖组织“征服沙姆阵线”合并，此举招致了基地组织头目扎瓦希里的反对。扎瓦希里认为巴格达迪所做的事已经僭越其在“基地”组织的职务本分，因而要求他废止“伊斯兰国”并回伊拉克继续经营“基地”组织分支。
2001年的本·拉登与扎瓦希里
巴格达迪自然不会买账，他索性宣布从“基地”组织分离出来自立一派。随后巴格达迪开始招兵买马，利用伊拉克逊尼派民众对什叶派政府的不满，招纳大量逊尼派武装分子进入“伊斯兰国”，还吸收了许多前萨达姆时期的伊拉克共和国卫队军人，实力大增，此外“伊斯兰国”还控制了“征服沙姆阵线”80%的外国“圣战者”兵力。有了如此强大的实力，“伊斯兰国”在2014年3月挥师攻下叙利亚东部最大城市拉卡，并将其作为“伊斯兰国”的“首都”。“伊斯兰国”从此不再仅靠恐怖袭击扩大影响力，正面作战也成了其抢地盘的重要手段。
2014年7月14日叙利亚内战形势，红色为叙利亚政府军控制，绿色为叙利亚反对派控制，黄色为库尔德人控制，黑色为“伊斯兰国”控制
