黄长烨曾当过金日成的秘书，因此深得金日成信任，在担任金日成综合大学校长时还曾亲自指导金正日兄妹们的学习。
1997年2月，黄长烨利用去日本出席国际会议的机会申请政治避难并叛逃至韩国。
因为黄长烨在朝鲜的地位特殊，他的叛逃成为当时最大的国际新闻。1997年4月20日，黄长烨抵达首尔机场时，一群韩国政要前来接机。
据日本媒体报道，时任朝鲜最高领导人金正日得知黄长烨叛逃后怒骂其是“猪狗不如的叛徒”。韩国媒体则称，黄长烨因此成为朝鲜的头号暗杀对象，韩国警方曾破获过一起针对黄长烨的刺杀阴谋。
为了保证黄长烨的安全，韩国政府一直对其实施特级警卫，24小时有专门警卫小组贴身保护。韩国媒体称，黄长烨的具体居住地是机密，其寝室、办公室和书房的窗户玻璃都是防弹的。
2010年10月10日，黄长烨被发现死在居所的浴缸内。韩国警方会同法医等联合进行调查后宣布，黄长烨家中没有侵入迹象，也未发现外伤等因素，判断没有自杀或他杀嫌疑，很可能是因心脏麻痹导致的自然死亡。
近几年，朝鲜官员叛逃的新闻偶有流传。韩国媒体称，近两年已有数名朝鲜外交官叛逃至韩国，但并未透露这些叛逃外交官的名字及叛逃过程。
