被俘期间,日军对赵一曼施以酷刑,用钢针刺伤口,用烧红的烙铁烙皮肉,逼其招供。她宁死不屈,严词痛斥日军侵略罪行。为了得到口供,日军将她送进医院监护治疗。在医院里,她积极宣传抗日救国的道理,教育争取看护和看守人员。1936年6月28日,赵一曼在医院看护和看守帮助下逃出医院,但很快被追敌再度抓捕,受到更加残酷的刑讯。
1936年8月2日,赵一曼被押上去珠河的火车。她知道最后的时刻到了。在这最后的时刻,她给心爱的儿子写下遗书:“宁儿啊!赶快成人,来安慰你地下的母亲!我最亲爱的孩子啊!母亲不用千言万语来教育你,就用实行来教育你。在你长大成人之后,希望不要忘记你的母亲是为国牺牲的!”临刑前,她高唱《红旗歌》,“民众的旗,血红的旗,收殓着战士的尸体,尸体还没有僵硬,鲜血已染红了旗帜……”她高呼“打倒日本帝国主义!”“中国共产党万岁!”壮烈牺牲,年仅31岁。
为纪念赵一曼,哈尔滨的一条主要街道命名为一曼大街。在她的故乡宜宾市建有赵一曼故居、赵一曼纪念馆等。
近年来,宜宾市、叙州区积极传扬烈士事迹和“一曼精神”。2017年,宜宾市启动了“百校同演同看《赵一曼》”活动,通过在全市学校排练话剧《赵一曼》不同片段的方式,让赵一曼的事迹在青年学子中种下红色基因。