“皖南事变”后局势紧张，中共中央来电指出：“恩来、剑英、必武、颖超及办事处、报馆重要干部于最短期离渝。”并要求销毁文件、密码、电稿等。为防止国民党当局袭击，南方局命令机要科将办事处和《新华日报》全体员工名单电告延安，以便有人被捕时，中共方面能据此交涉。
周恩来还提出“隐蔽精干”的策略，将一批陪都文化界进步人士送往香港或外地，同时也疏散了一批党内干部，对留在重庆的工作人员则进行气节教育。
南方局在重庆设有8部电台，其中3部是公开的，已向国民党当局登记备案。另有5部为秘密的，其中2部设在红岩村办事处三楼，联络对象为延安、雅安；1部设在红岩村俱乐部楼上，与延安试通后备用。其余2部为流动性质，先后分设在市郊黄沙溪、市内中国工矿银行办公楼上，联络对象为延安。时局最严峻时，仍有4名报务员在红岩村坚持收发报，片刻不停地向党中央通报重庆的情况。
1943年5月苏共宣布解散共产国际，国民党顽固派乘机提出“取消陕甘宁边区”“解散共产党”，并密令胡宗南部准备进攻延安。同年9月，国民党军警强行封闭红岩村的公开大电台，说是今后只能通过军政部电台收发报，意在切断红色电波。
共产党有共产党的办法。从此以后，南方局机要科常常派人将国民党报纸上的新闻、社论用一般密码发往延安，或是每天随心所欲地写上几百字的假电文，盖上领导人的私章，密封后送交国民党军政部、邮政局电台发往延安。延安收到这类电报扔到一边就不管了，只有国民党的“译电专家”还在冥思苦想，企图从中搞出点名堂。真正重要的文件和消息，则由架设在红岩村三楼的5瓦小电台拍发，编码缜密，尽管国民党军统局常年监听，但一次也未能破译。
