1985年，在来华旅游者中发现中国第1例艾滋病患者。

1989年，我国第一部《中华人民共和国传染病防治法》获通过，自9月1日起施行。

1992年，1月1日起在全国推广乙肝疫苗免疫接种，并逐步纳入儿童计划免疫。

2000年，WHO西太平洋区域消灭脊髓灰质炎证实委员会宣布中国为无脊灰状态。

2002年，中华医学会传染病与寄生虫病学分会正式更名为中华医学会感染病学分会，并建立网站，是各分会中成立最早的网站，各综合医院传染科纷纷更名为感染疾病科。中国预防医学科学院更名为中国疾病预防控制中心。

2003年，全国暴发大规模SARS疫情。

2004年，中国启用全球规模最大的传染病监测网络。修订后的《传染病防治法》自12月1日起施行。

2005年，《慢性乙肝防治指南》和《丙型肝炎防治指南》发布，此后分别于2010年、2015年进行更新，目前第四版正在修订中。

2008年，卫生部发布《手足口病预防控制指南（2008年版）》，将手足口病纳入丙类传染病管理。

2009年，卫生部发布公告，明确将甲型H1N1流感纳入传染病防治法规定管理的乙类传染病，并采取甲类传染病防控措施。

2012年，《抗菌药物临床应用管理办法》于8月1日正式颁布实施。全国绝大多数县（市）已达到基本消灭麻风病（以县市为单位，患病率≤0.01‰，近5年平均年发病率或发现率≤0.5/10万）标准。

2013年，国家卫生计生委发布《关于调整部分法定传染病病种管理工作的通知》，将人感染H7N9禽流感纳入法定乙类传染病；将甲型H1N1流感从乙类调整为丙类，并纳入现有流行性感冒进行管理；解除对人感染高致病性禽流感采取的传染病防治法规定的甲类传染病防控措施。

2016年，目前唯一可用于预防手足口病的EV71疫苗在中国诞生。

2018年，由浙江大学传染病诊治国家重点实验室、感染性疾病诊治协同创新中心主任李兰娟院士领衔，联合中国疾病预防控制中心等11家单位共同完成的“以防控人感染H7N9禽流感为代表的新发传染病防治体系重大创新和技术突破”项目，获得2017年度国家科技进步奖特等奖。

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