与之相对应的是，做市指数的不断走低。2016年，三板做市指数全年跌幅达到了22.86%，今年截至到10月25日，三板做市指数再跌8.76%。
联讯证券研究院新三板研究组负责人彭海告诉《每日经济新闻》记者，挂牌公司做市转协议的原因多是被并购或者要去IPO等，而由于“三类股东”问题的存在，挂牌公司也会避免做市转让引入“三类股东”，相对容易的控制公司股权结构变化。每家做市商都有自身的策略，但基本不会为经营发展状况差的公司做市，选择时机进入或退出都是做市商根据自身的策略变化来进行的。
彭海表示，做市商作为做市交易制度下流动性的提供者，其持股成本相对比较低、主要靠价差等方面来覆盖自身成本，在市场交投活跃的情况下能发挥出价格发现的功能；在目前的做市交易情况下，做市商的地位就很尴尬，很多挂牌公司也会避免来进行做市交易。而当前作为市场参与各方的挂牌公司、做市商、投资者也都已经能够客观看待做市转让这一交易制度，对其和协议转让等交易方式互相对比利弊得失。
“部分企业因IPO放弃做市”
某大型券商新三板研究首席分析师对记者表示，做市转协议的增多主要是因为大家觉得其好处不明显，而且对于一些企业的资本战略规划可能会有负面影响，最主要的就是“三类股东”的问题，目前也没有很好地解决它。在做市的情况下不太好控制股票筹码的去向，很多有IPO意向的企业不太愿意选择做市。另外一个是定价问题，部分投资者在参与定增的时候协议转让价格不太会去看，但会参考企业的做市交易价格，而企业可能会觉得做市价格对自身的估值不够准确、其预估和市场的交易不一致，所以就主动选择转为协议转让。
东北证券研究总监付立春则认为，做市转协议的趋势在新三板还会持续。做市商数量较少，能提供的流动性和价格发现功能比较有限，做市制度需要升级。此前曾提出做市商扩容、私募做市，但这远远不够，做市商制度只有和其他配套的制度一起才能为新三板市场提供更好的交易服务。做市制度已经难以满足目前市场的需求、暂时也没有新的制度提出，企业也有一些转向其他市场的想法或战略规划，政策预期不确定、做市指数下行、市场交易情绪也不乐观，做市商浮亏、业绩考核方面压力也比较大，企业也对自身的估值不满意，这些导致的整体情形就是企业退出做市。
此外，付立春表示，新三板已经进入到了一个提升挂牌公司质量的过渡阶段，转型会比较痛。许多期待的政策没有落地，预期不是特别明朗；A股方面IPO开闸、审核速度相对较快，很多比较自信的公司有去IPO的想法就变更转让方式，在做市转协议的公司中比较多，还有就是担心可能涉及“三类股东”问题。这也算是企业在当前市场整体状况下，做出的相对理性的选择，在这个阶段表现比较突出。
