最后，在争议解决实践中，仲裁的积极作用远没有得到充分的发挥和利用，甚至仲裁是否可以作为PPP纠纷解决途径还尚存争议。此种争议的本质是对PPP协议到底属于民事合同还是行政合同的分歧。《仲裁法》第二条规定：“平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。”第三条规定：“依法应当由行政机关处理的行政争议不能仲裁”。如果认为PPP协议属于行政合同，适用仲裁无疑存在较大障碍。2014年修改的《行政诉讼法》规定政府特许经营协议纠纷适用行政诉讼，则进一步为运用仲裁解决PPP纠纷制造了立法上的障碍。
二、仲裁作为PPP纠纷解决方式的优势
尽管通过仲裁解决PPP纠纷面临理论上的争议和立法上的障碍，但事实上，仲裁机构的相关实践在争议中并未停滞不前。其中，中国国际经济贸易仲裁委员会还成立PPP仲裁中心，这是国内第一家致力于通过仲裁方式处理PPP争议的仲裁中心。北京市仲裁委员会也在PPP项目争议解决上积极作为，并成立PPP研究中心，不断提升PPP纠纷解决的专业水平。究其原因，是PPP纠纷解决机制中，仲裁具有自身的独特优势。
首先，仲裁的专业性符合了PPP纠纷专业性较强的要求。PPP纠纷通常专业性较强且法律关系复杂，加之PPP涉及领域众多，对纠纷解决者的专业性提出了非常高的要求。法院法官虽然也具有较强的司法专业性，但对PPP项目特有专业性深入研究普遍不足，且受自身办案类型限制明显。而仲裁机构不受地域限制、仲裁机构名册中有不同领域资深PPP专家，可供当事人更大范围自主性选择，更好的满足PPP纠纷多项专业性的要求。
其次，仲裁的中立性满足了PPP纠纷解决对公正的追求。公平公正是对所有纠纷解决机制的最终要求。协调、调解等方式因是当事人的自愿选择，自然能够更好满足公平公正的要求。诉讼特别是其中的行政诉讼，当前受各种因素的影响，社会公信力尚有待提高，尤其是当一方主体是政府时，受中国传统行政法惯性思维影响，相对人一方总是心存顾虑，这势必影响纠纷调处的效率和效果。而仲裁，由于仲裁机构、仲裁员等都是由双方自行选择的，其独立性、中立性明显高于诉讼，因而能够较好的保证结果的公平公正。
