据悉，有关多少只股票能在深港通交易，以及计划就位后如何配置现有的跨境投资配额的问题，国家外汇管理局与证监会一度陷入分歧和僵局。
“香港曾经卷入亚洲金融风暴，被国际资本做空，我们国家肯定要在设计层面避免这种状况，香港资本市场还存在一些庄家洗钱、非法资金流入的状况，我们的设计也要考虑全面监控资金风险，对资金结算交收实行全程封闭。”上述智囊解释道。
一家保险机构投资风控部门主管则对记者分析，外管局的顾虑一部分来自人民币兑换需求的增加对汇率波动的影响，“证监会则要担忧预期跨境投资交易规模增加带来的监管新问题，深港通大大深化了开放程度，内地和香港怎样开展跨境监管和执法合作？内地在法制环境、信息披露、技术监管上都和境外存在一定差距，如何面对境外大型投资机构对市场的老鼠仓行为，对目前的内地资本市场来说是很大的挑战。”
记者还从外管局匿名人士处获悉，对跨境资本流量的统计、预警监测指标的设定、外汇交易和资本流动信息的分析等，都会考验现有的风险管理体制，之前就深港通的推出做了非常多的准备和预演。
“还有就是怎么来改进沪港通在运行过程中出现的问题，也不是简单的事，比如说港股通和沪股通使用的额度有比较明显的差别，这与沪港通设计的初衷是有差距的，深港通又要怎么来优化？”上述智囊告诉记者，“再比如沪港通成交量不足，总额度的使用比例并不充分，是不是也有市场机制设计的缺陷，都需要深入反思。”
与推出时期的沪港通不同的是，深港通这次不再设定总额度限制，随着未来两地资金交易规模和活跃度的上升，资本流动管理的难度也在考验着整套系统设计的智慧。
三问差别：
相比运行两年的沪港通，深港通有哪些不同？
尽管带来了更多监管挑战，记者注意到，深港通不设定总额度的做法也提振了投资兴趣。在采访中可以明显感觉到市场对深港通的殷切期待，就香港方面来说超过了当时对沪港通的期待。
据了解，沪港通额度控制由沪、港交易所设立的 SPV(Special Purpose Vehicle)负责，SPV 可以委托交易所具体实施，在额度用完时，国家有关部门应该展开相应的调查，不能随便调高额度。尽管在规则框架上，深港通大致采取了沿用的做法，但额度控制方面做出了颠覆。
深港通每日额度北上 130 亿元人民币、南下 105亿元人民币，与沪港通现行制度相同，但取消了原有的 5500 亿元人民币总额度限制。
另一重吸引力则在于标的股票的大大扩容，与沪港通类比，深港通的标的不局限于A/H股同时上市，而是包含了深市成份股。中国人民大学财政金融学院博导赵锡军告诉《中国经济周刊》记者，上交所和深交所挂牌交易的品种本身就有所不同，上交所基本以大盘股为主，是大型蓝筹工业和金融公司的传统上市场所，深交所有一部分大盘股，但以创业板和中小板为主，更偏重科技企业，这是深港通和沪港通最大的区别，深港通将会丰富境外投资者的投资范围。
据悉，深港通框架下，港股通的股票范围包括恒生综合大型股指数成份股、恒生综合中型股指数成份股、市值 50 亿港元及以上恒生综合小型股指数成份股，以及香港联合交易所上市的 A+H 股公司股票。
根据香港交易所行政总裁李小加的计算，深港通下的深股通，涵盖了大约880只深圳市场的股票，其中包括约200只来自深圳创业板的高科技、高成长股票，与沪股通投资标的形成了良好互补。深港通下的港股通，涵盖了约417只港股，比沪港通下的港股通新增了近100只小盘股。
