２００９年７月丽江市环境监察支队的一份环境监察报告显示，该项目已实施多年，其间部分子项目、业主、设计等都有变更，环保措施实施情况与２００３年批复的环评报告有一定出入。２００５年该公司高尔夫球场５个人工湖取消后，环评补充报告未见省环保厅批复文件。丽江玉龙生态旅游开发有限公司负责人承认，在高尔夫球场设计和建设变更后，项目没有再获批过环评补充报告。
实际运行过程中，该高尔夫球场屡次受到环境监管部门的处罚。记者看到，玉龙生态旅游度假区高尔夫球场依湖而建，多条球道与水域紧紧相连。２０１７年８月，丽江市环境监察支队在检查中发现，该公司违反规定在高尔夫球场人工湖中设置一根直径８００毫米的暗管，让人工湖内的污水排至文笔水库。目前，丽江玉龙生态旅游开发有限公司已将暗管封堵。
２０１７年９月，丽江市环保局出具的行政处罚决定书显示，该项目于２００６年投入运营后未进行水污染防治设施验收，已构成环境违法，对此罚款２５万元，并责令停止生产经营。丽江市环保局监察专员洪佩春介绍，在处罚后至今，该球场也没有完成项目竣工环保验收等相关手续。
中央环保督察组将进一步核实，森林公安已介入调查
中央环保督察组表示，将根据有关要求，对该高尔夫球场长期非法侵占自然保护区的问题进一步调查核实，依法依规做好后续各项督察工作。
丽江玉龙生态旅游开发有限公司负责人表示，目前占用保护区用地和环保方面的问题，公司已邀请设计公司对球场球道进行修正，下一步将根据调查结果积极接受处理。对于占用保护区的部分面积，坚决退还，恢复原貌。在环保方面，邀请专业机构加快污水治理和环评报告等工作，争取通过环评批复和环保工程验收。
