《意见稿》称，生态环境主管部门每年应组织开展排污单位年度执行报告核查。生态环境主管部门核查年度执行报告，应重点核查执行报告的上报内容、报送频次是否满足排污许可证要求，结合环境管理台账记录、监测数据以及其他监控手段等，核查执行报告的真实性，判定是否符合许可排放浓度和许可排放量，是否落实自行监测、信息公开等环境管理要求，同时重点关注排污单位是否报告了超标排放或污染防治设施异常情况、竣工环境保护验收情况、排污许可证内容变化、公众举报投诉及环境行政处罚的处理情况等内容。
对于在执行报告检查中发现排污单位存在实际执行情况与环境管理台账、执行报告内容等不一致的，生态环境主管部门应责令排污单位作出说明。对于未能提供相关说明且无法提供自行监测原始记录的，应依法予以处置。对于有违规记录的排污单位，应提高检查频次，并纳入排污单位环保信用信息中。
《意见稿》指出，生态环境主管部门组织开展排污单位自行监测检查，应重点检查排污单位自行监测方案制定规范性、监测行为完整性、监测过程规范性、监测数据真实性以及监测信息公开情况等，重点检查监测点位、指标、频次、采样方法、监测分析方法和信息记录等是否符合排污许可证要求；监测期间生产负荷是否符合技术规范要求；自动监测设施不能正常运行期间是否按规定开展手工监测并报送生态环境主管部门。对于委托第三方监测机构开展监测的，对检查中发现存在疑问的可延伸至第三方监测机构进行检查；对于安装使用在线监测设施的排污单位，应视情况开展在线设施的比对检查。
