１９２１年５月，邓仲元任广州军政府第一师师长兼总司令部参谋长。同年夏，击溃犯粤的沈殿英、刘震寰部。接着，他积极支持孙中山北伐，担任后方筹饷械的任务。
１９２２年３月２１日，邓仲元亲赴香港接其老师周善培来广州，傍晚抵达大沙头广九车站时被人暗杀，经抢救无效于２３日去世，终年３６岁。
孙中山痛失良将，追授邓仲元“陆军上将”，安葬于广州黄花岗。孙中山亲题“邓仲元先生之墓”墓碑，胡汉民撰写“陆军上将邓仲元墓表”。１９２９年７月２４日国民政府令拟照上将阵亡例给恤。
广东仲元中学始创于１９３４年，是专为纪念邓仲元将军所创办。该校历来重视继承与发扬仲元精神，每年清明时节，仲元中学都组织全体高一年级１０００多名学生，到黄花岗烈士陵园开展祭奠活动，向革命烈士敬献花圈，鞠躬致意、默哀悼念。仲元中学校长谭小华说，吊念先烈，可以让学生更好地铭记革命事迹，学习七十二烈士及邓仲元将军勇于斗争、刚正不阿的爱国主义精神。
据悉，为更好地铭记邓仲元将军的历史故事，广东仲元中学艺术科组以历史剧为载体，正积极筹备编排历史剧《仲元之光，那年那月的仲元人》，预计于５月面向全校师生及大众公演。（完）
