针对当前深圳市食品安全监管体制存在的问题，《条例（草案修改二稿）》分别明确了市区政府、食品安全相关监管部门以及街道办事处的职责，并创设了食品安全总监及督导员制度，重构了政府食品安全监督机制。
食品安全总监组织领导本区域的食品安全监督管理工作，统筹监督管理措施，并直接对食品安全监督主管部门主要负责人负责。食品药品监管部门应该配备专业化的食品安全检查执法人员，协助食品安全总监开展食品安全日常监督、检查工作。
为缓解基层食品安全监督管理人员的不足，《条例（草案修改二稿）》规定区政府在社区设立食品安全督导员，履行巡查登记、现场快检、信息收集、宣传教育等辅助食品安全监督职责。
深圳是九成以上食品和食品原料都依靠外部输入的城市，把好检测关，就抓住了食品安全的“牛鼻子”，这是许多代表的共识。
为此，本次立法突出了对食品安全链条各领域的监管。比如，要求食品生产经营者应当建立食品安全追溯体系，记录和保存进货查验等方面的信息。其中，保健食品、婴幼配方食品等政府重点监管食品的生产经营者应当建立电子追溯体系，通过“电子身份证”实现全过程监控。
对于抽查不合格的食品如何处理？《条例（草案修改二稿）》专门增加相关规定：责令食品生产经营者召回，否则由食品药品监督管理部门依法予以没收或者销毁。同时，食品检验以及监督性抽样检验不合格情况应当在食品安全信息平台即时公布，并通过本地主要媒体及时向社会公开。
