聂树斌案从被提起申诉起，便引发了社会各界关注。杜亚起坦言，对于最高检申诉检察厅案件承办人员而言，如何排除各种干扰、做到客观公正，是一个不小的挑战。“真正让事实说话、让证据说话是最有效的应对之策。为此，我们始终坚持三个原则：首先，坚持一切事实认定都建立在客观真实合法的证据之上；其次，彻底摒弃存在新旧两个不同证据标准的错误认识；第三，切实坚守检察权行使的客观公正立场。”
杜亚起举例介绍说，《最高人民检察院关于聂树斌故意杀人、强奸妇女一案的检察意见》对于聂树斌有罪供述真实性、合法性存疑的第二条理由为“作案工具来源不清，原审判决认定花衬衣系作案工具存在重大疑问”，主要依据包括“花衬衣来源不清”和“聂树斌供述偷拿花衬衣动机不合常理”。
“虽然聂树斌供述偷拿了一件衬衣，并对该衬衣进行了辨认，但失主梁某并不能证实确实丢失过衬衣；而让聂树斌辨认的花衬衣曾被清洗，且未对现场提取的花衬衣进行清洗的过程作出记载和说明。现场提取的花衬衣与让聂树斌辨认、随案移送的花衬衣是否同一，存在重大疑问。聂树斌多次供述偷拿衬衣是准备自己穿，但根据物证照片及现场勘查笔录记载，该衬衣仅是衣长61.5厘米的女士上衣，且多处破损。”杜亚起认为，作为案件的实物性证据，其自身的客观真实性至关重要，同时，供和证之间的关系如何对于定案的影响很大。一般而言，先供后证的证明力要高于先证后供的证明力。只有当供证一致，口供的真实性就颇具说服力，被告人有罪供述的真实性、合法性才能得以保证。
坚持实地现场亲自勘验
在采访中，被问及检察机关应如何充分发挥监督作用、防止冤假错案时，尹伊君表示，检察机关充分发挥好监督作用的前提是所有的复查程序一步都不能少，对于承办案件，该阅卷要全部阅完，该调查复核的证据要调查复核，该实地查看现场的要亲自查看体验。这样才能避免所有的论证分析都处于“空中楼阁”之上。当侦查人员从案发现场勘查完进行辨认和指认时，必须保障辨认和指认的程序完全规范合法，否则就有可能出现问题。
多年过去，尽管聂树斌案的案发现场早已物是人非，最高检聂树斌案办案组成员坚持到现场实地勘查。“当时案发现场是一片玉米地，现在案发地却被一条南水北调的水渠流经而过，案发现场的痕迹早已无处可寻。”杜亚起遗憾地告诉记者，虽然去案发现场之前就预想到可能会出现这样的情况，但是，作为检察机关案件承办人，却不能基于“可能会白跑一趟”的认识就不去做。
“去案发现场复核的过程就像‘大海捞针’，有可能捞得到，有可能捞不到，但必须去做。任何事物体现出来的特质很可能会与其他事物发生关联，有些人认为，只有在案的证据才会对案件判断起到至关重要的作用，但是，有时候，其他方面一些看似不起眼的因素，对于在案证据的判断是非常有帮助的。”杜亚起语气坚定，在他看来，这是案件承办人最基本的态度问题。正如聂树斌案再审宣判无罪后，作为再审合议庭审判长的胡云腾接受采访时所言，“内心的确定感非常重要”。
尹伊君感慨道，案发地从20多年前荒无人烟到如今流水长河的变化，似乎也预示着我国法治建设进程在不断推进。“20年前会发生这样的案子，10年前要想纠正这样的案子，纠正冤错案件可能不会实现，而如今，当疑罪从无、无罪推定这样的基本法治理念不仅深入到司法人员的内心，而且深入到全社会的人心，这样的案件得以纠正就是顺理成章、顺应人心的。往者不可谏，来者犹可追。我们应当从每一起冤假错案的平反昭雪中认真总结反思，汲取深刻教训，健全纠防冤假错案长效机制，真正告慰像聂树斌一样的蒙冤者，让悲剧不再重演。”
