科研经费管得过死有形成本占比大
审计发现，科研投入管理机制与科技创新要求不适应。跟踪审计创新型国家建设、大众创业万众创新等政策落实情况发现，科研项目和经费管理制度还不完善，科研经费管得过死，有形成本占比大，智力成本补偿不够，科研成果转化率低。从抽查11个中央部门单位科技资金使用情况看，仅扩大开支范围、利用假发票报账等问题金额就达3.17亿元，其中既有为保障必要支出不得不到处“凑”发票来报账的情形，也有个别人员借机骗取套取科研资金的问题。
审计还发现，对科研单位和科研项目的检查繁多，加重了科研单位负担，如中科院所属85个院所2013年至2015年共接受各类检查评审3500多次，其中以“审计”之名进行的有760多次。但实际上，其间审计署对中科院部门预算执行审计中仅重点延伸审计了15个院所。
地方政府债务审计发现违规举债问题
地方政府债务审计发现，有的地区仍违规或变相举债。抽查发现，至2015年底，浙江、四川、山东和河南等4个省通过违规担保、集资或承诺还款等方式，举债余额为153.5亿元。
有的地方出现一些隐性债务，内蒙古、山东、湖南和河南等4个省份在委托代建项目中，约定以政府购买服务名义支付建设资金，涉及融资175.65亿元；浙江、河南、湖南和黑龙江等4个省在基础设施建设筹集的235.94亿元资金中，不同程度存在政府对社会资本兜底回购、固化收益等承诺。
中央决算草案部分收入列报不够全面
中央决算草案审计情况显示，未报告预算级次变化情况。这包括将中央本级支出101.24亿元调剂为对地方转移支付支出，将对地方转移支付支出262.52亿元调剂为中央本级支出。
审计指出后，财政部已在决算草案中对主要科目的预算级次调剂情况作了报告。
部分收入列报不够全面。主要是对已按规定向软件、资源综合利用企业等退增值税、消费税等937.48亿元，在决算草案中没有体现。审计指出后，财政部已在决算草案中增加了补充说明。
水污染防治7省不属规划项目反获补助
财政管理审计情况发现，预算分配与专项规划衔接不够，有些专项规划之间也缺乏统筹协调。抽查18个省实施重点流域水污染防治“十二五”规划情况发现，地方在具体确定项目时，9个省纳入规划的1684个项目（占44%）未得到中央补助，而7个省不属于规划范围的2135个项目（相当于其规划项目数的63%）获得了补助。有些预算依据多个规划分配资金，这些规划目标要求不尽一致，不利于项目有序推进，如中央财政9个专项安排有高标准农田建设相关补助，预算分配依据的规划中仅全国性规划就有4个。
财政部为低执行率项目继续代编预算
财政管理绩效还需进一步提高。有的预算安排未充分考虑结转结余。财政部对连续两年执行率低于60%的可再生能源发展等3个项目继续代编预算10.06亿元，年底结转8.89亿元（占88%）；在国税系统管理等5个项目上年结转1.42亿元的情况下，又安排预算1.31亿元，年底结转增至1.96亿元。
部分关税和进出口环节税征缴入库不及时。由于海关、银行和国库未全面联网，实行纸质税单核销，滞压税款规模逐年增长，2015年有194.68亿元税款滞压15天以上。抽查23个关区发现，有281户企业应转为税款的保证金7.09亿元超期未转，平均超期38天，其中1070.71万元超期3个月。
□部门案例
环保部
下属单位重复申领1560万元
2015年，所属核与辐射安全中心采取重复申报基本建设项目有关费用的方式多申领预算资金1560万元；所属环境规划院在项目预算中编报并支出与项目无关的中国环境科学学会会费4万元。
