北京大学教育考试院院长、原北大招生办主任秦春华表示，多年来自主招生的争议很多，如在考试形式上，是笔试好，还是面试好，是高考前好，还是高考后好;在考试内容上，是不超过考试大纲好，还是超出考试大纲好，是难一点好，还是不难好;在考试规模上，试点高校是多一点好，还是少一点好;在选拔对象上，是招收“全才”好，还是招收“偏才”“怪才”好等等，不一而足，争议十分激烈。
“高校自主选拔录取试点工作的核心，应当是建立健全高校各具特色的招生综合评价体系。”秦春华说。
在教育主管部门看来，多年的自主招生试点也存在一些问题，部分高校自主招生定位不明确，热衷于“掐尖”“抢生源”;部分高校以联盟形式在高考前组织大规模文化考试，被社会称为“小高考”，增加了考生负担，影响了中学正常教学秩序;个别高校招生程序不够完善，过程不够公开透明。
2014年年底，教育部提出“严格控制自主招生规模，现阶段不扩大试点高校范围和招生比例”。
这意味着，未来几年高校自主招生的规模将不超过5%。
在孙东东看来，自主招生的比例应该适度提高，特别是对研究型大学，因为现有的高考制度很难拉开学生之间的区分度。
“一方面说高校要培养大师，扩大高校办学自主权，而另一方面又强调教育公平，这二者本身就是矛盾的。”孙东东说，教育部对高校自主办学仍然是收紧的，高考招生制度需要将学生逐渐分流，因材施教。而目前看来，自主招生只能是高考统考之外的辅助。
我国从1999年深化高考改革，这期间不少省份的改革进行了四五次之多。改革的目标是提升学生素质，利于人才选拔。而生源质量的评价也需要多维度的参照系。
2007年，香港中文大学到内地招生，当年该学校在内地选择了21个省份。孙东东告诉记者，当时他请该校教务长评价一下内地哪些省份生源质量好?“他毫不犹豫地说出京沪江浙川，这让我很惊讶。”
2016年年高考前夕，安徽毛坦厂中学万人送考视频刷爆微信。该中学被称为“亚洲最大的高考工厂”，有外媒称其为“世上最可怕的考试达人” 。
据了解，毛坦厂中学的学生大部分来自农村。除了高达80%以上的本科上线率，学校对当地的经济贡献更是占到约九成。
但在孙东东看来，包括毛坦厂中学、河北衡水一中在内的部分中学的应试教育模式，更像是在培养“考试机器”。
据公开资料，2015年高考，河北衡水中学本一上线率88.6%，全省第一。追求卓越的教育，使得学生“两眼一睁，开始竞争”。
“我认为素质教育真的挺重要的，我也有不少同学是衡水一中的，就是真的感觉他们的管理太不人性化了，太不人道主义了。”中央财经大学一位大三学生告诉记者，他在河北读初中，后来到北京。在他看来，衡水一中的应试教育，更多是死记硬背，但是到了大学后，优势并不明显。
