蒋经国媳妇方智怡曾表示，其夫蒋孝勇在生前向她透露，蒋经国在晚年时，很后悔用了李登辉。

李登辉的“台独”言论的逐渐暴露。据中新社报道，执政初期，他信誓旦旦地要坚持“一个中国”，但在1991年，他主导出台了“国统纲领”，其中包含两岸是“对等政治实体”。

1993年，他出台了“阶段性两个中国”言论，并推动台湾“重返联合国”。1994年，台“陆委会”又抛出“台海两岸关系说明书”，称“一个中国”是历史的、地理的、血缘的中国，政治上的一个中国并不存在，又称两岸是“对等政治实体”，并将“政治实体”解释为可指国家。同年，李登辉又授意“修宪”，将“总统”改为直选，并实现政权的“台湾本土化”。

1996年，李登辉出台“戒急用忍”政策，限制两岸关系进一步发展。次年，台“行政院新闻局”发表《透视“一个中国”问题》说帖，称“一个中国”是“口头吞并”台湾，因此不能再讲“一个中国”，而只能讲“一个分治的中国”。李登辉还于同年推动通过“精省”方案，为行政区划的“台湾化”拉开了序幕。此后，又以修改法律的形式将台湾“领海”确定在台澎金马及其附属的岛屿。

1999年，李登辉先是出版《台湾的主张》一书，主张要将中国分成七块，七月他又对德国媒体发表了一段令世界震惊的谈话，公开宣称两岸是“两个国家，至少是特殊的国与国关系”，“两国论”推出，其分裂中国的图谋彻底暴露。

2000年3月24日，由于国民党在选战中败给民进党的陈水扁，迫于党内的巨大压力，李登辉上午宣布辞去国民党主席职务，由连战接任。但是，李登辉的“台独”、“媚日”行为并未因此告终。

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