2004年10月6日，欧盟向WTO起诉美国向波音公司提供的补贴违反世贸组织规则，要求与美国进行磋商。由于磋商未果，2006年2月17日，WTO争端解决机构专家组成立，审理欧盟诉美国飞机补贴案。在本案中，欧盟指控美国对波音公司提供的补贴属于世贸组织《补贴与反补贴措施协定》规定项下的禁止性补贴或可诉补贴。据欧方估算，1989年至2006年，波音公司所获的补贴金额高达191亿美元。

2011年3月31日，WTO专家组就此案发布裁决报告，裁定美国相关州和城市向波音公司提供的补贴违反世贸组织《补贴与反补贴措施协定》。

2012年9月23日，美国向WTO通报，其已全部执行了WTO裁决，被裁定违法的补贴措施已经被撤销。同年9月25日，欧盟提出执行异议，认为美方未能消除向波音提供的巨额非法补贴或其不利影响。2012年10月11日，欧盟再次就美国执行裁决诉诸WTO争端解决。2019年3月28日，WTO发布上诉机构报告，认为2012年WTO做出裁决，认定波音接受了最少50亿美元的非法补贴，并要求美方撤销对波音公司的补贴，在此之后美方的补贴行为并未停止。