由于抗议正值选前敏感时刻，“农委会渔业署”10月31日紧急召开记者会。据《中国时报》1日报道，“渔业署长”黄鸿燕“按照惯例”把责任推给“前朝”，称欧盟2015年给台湾黄牌警告时是马英九执政，并指责此次抗争是“政治操作”。

渔业界人士回应称，渔民的诉求是想解决问题，但相关单位还在谈政治，他们上街抗议的“最后一里路不会动摇”。“渔民促进自救会”总干事王新展批评“渔业署”在模糊焦点，“我又没要选举……政府是在怕什么？”

联合新闻网评论称，台当局假借响应渔民诉求，实质卸责“前朝”、指称渔民遭政治操弄，看不到一丝自省，“蔡政府以改革自诩，如今竟频频以马政府拍板当重大政策的挡箭牌，着实讽刺”。《中国时报》11月1日称，蔡英文当局之所以不敢得罪日本，是因为在区域战略上采取“亲日远陆”的做法，希望日本在国际上多协助台湾。然而事实证明，对日本低声下气并未换来尊重，“慰安妇”赔偿问题未解，台渔民在冲之鸟礁周边公海的捕鱼权也受损。

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